La vita di Will sta per cambiare radicalmente dal momento in cui viene inviato in missione per riconoscere l'uomo che gli ha fornito le informazioni sull'SD-6. Intanto Sloane è sulle tracce di Khasinau e l'SD-6 riesce a catturare il braccio destro di The Man, Julian Sark. Dixon però inizia ad avere sospetti sulle attività di Sidney.