Mentre Finch va sotto copertura per proteggere la nuova persona d'interesse, Timothy Sloan, Reese si mette sulle tracce di Shaw e scopre del coinvolgimento di Root. Quest'ultima ha bisogno dell'aiuto dell'ex agente dell'ISA per proteggere il nome che la macchina ha dato a lei: il fratello di Sloan. Nel frattempo, il partner di Carter, Laskey, capisce fino a che punto deve arrivare la sua fedeltà all'HR.