Dopo l'incidente, Cara tiene in pugno Reese e Snow, costringendoli ad introdursi nel Dipartimento della Difesa ed impossessarsi di un'arma così potente da poter mettere in ginocchio un intero paese. Intanto Finch, Fusco e Carter collaborano per poter salvare John, una missione che li porta tutti sullo stesso luogo, mettendoli in pericolo.