Il team di Jefferson indaga sull'omicidio di un criminale condannato, portato in un centro di rieducazione e poi scomparso; un sospetto nel caso ha legami con Booth. Nel frattempo, Brennan viene interrogata dall'FBI sulle circostanze riguardanti la sua aggressione di un sospetto disarmato in un caso precedente; l'esito dell'udienza potrebbe portare alla sua sospensione.