Mitchum rivela al leader della Prima Generazione che sarà impossibile salvare ogni abitante di Wayward Pines, e questo porta Theo e Xander a mettere da parte le loro divergenze per cercare una soluzione. Nel frattempo un tuffo nel passato mostra il processo per il quale Pilcher è arrivato a scegliere Jason, mentre un dettaglio della vita passata di Kerry viene alla luce.