C'era una volta un ragazzino che poteva controllare gli yo-kai con un orologio misterioso. Ma una volta diventato adulto non fu più in grado di vederli. Finite le responsabilità del ragazzo, l'orologio è stato sepolto nello spazio-tempo.
Sono trascorsi 30 anni, la vita tranquilla di tutti i giorni quando una cometa comincia ad avvicinarsi. Il terrificante virus yo-kai virus Onimaro infetta le malevoli intenzioni della gente e si diffonde a macchia d'olio. Il prescelto dello yo-kai watch è colui che salverà l'umanità da questa crisi. Il legame tra esseri umani e yo-kai potrebbe essere ristabilito con la conquista di un nuovo yo-kai watch.
