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Il mondo intero è minacciata da un entità aliena , che si sta avvicinando sotto forma di nebulosa, distruggendo tutto ciò che incontra.I primi a farne le spese sonodegli incrociatori Klingon ed un avamposto terrestre. L'ammiraglio Kirk, , riprende il comando della nave Enterprise , insieme al capitano Decker. A loro si unisce l'equipaggio della serie classica , cui si aggiunge una Deltana calva, il tenente Ilia, e Mr.Spock. Grazie alle capacità e i poteri di Spock l'astronave riesce a scampare alla distruzione e viene così concesso agli umani di entrare nella nebulosa. Si scopre così che l'ineffabile alieno, che dice di chiamarsi "V'ger" e di essere alla ricerca del proprio Creatore, altri non è che l'antica sonda Voyager 6, partita centinaia di anni prima proprio dalla Terra: il Creatore con cui V'ger intende caparbiamente riunirsi, in altre parole, è l'umanità stessa. La minaccia viene scongiurata grazie all'ambizione di Decker, che accetta consapevolmente di "fondersi" con l'androide Ilia e l'entità aliena, così da consentire alla sonda Voyager di concludere la propria missione esplorativa in questo universo.