Un geologo trova le ossa di Pierce. Nasedo si trova a Washington per la fine dell'Unità Speciale dell'FBI, solo Vanessa Whitaker è contraria. Liz ha un colloquio di lavoro con la parlamentare Vanessa Whitaker; si rende conto che la donna è connessa al mondo degli alieni... Nasedo avverte Max che gli "Skin" sono tra di loro...

Michael entra nell' UFO center e scopre che il nuovo curatore Brody è una minaccia. Kyle scopre che suo padre è impegnato con le indagini su Nasedo e che Tess vive a casa Valenti. Liz continua il suo lavoro dalla Whitaker. La nuova cameriera del Crashdown è uno Skin...

Max organizza una festa per il compleanno di Isabel, che ha delle visioni di Tess legata e ferita. Isabel va a cercare Tess, la trova ma le cose si complicano quando incontra la Whitaker... Vanessa confessa di aver bisogno del Granilith. Isabel riesce a trovare il Granilith...

Hal Carver, un anziano aviatore, rivela a Michael che salvò le vite di due bozzoli di alieni dopo l'atterraggio UFO del 1947. Dunque ci sono ancora quattro alieni come loro sulla Terra da qualche parte... Poi va al Granilith con Maria e le spiega perché si è comportato in modo così strano.

Un Max dal futuro viaggia tramite il Granilith per avvisare Liz si sposeranno portando alla fine del mondo: insiste che Liz lasci il Max del presente. Liz è costretta ad ingannare Max facendosi trovare da lui a letto con Kyle...

Max, Isabel, Liz e Tess vanno a Copper Summit. Indagano sulla "Lega dell'amicizia" a cui era affiliata Vanessa. Nicholas, il leader degli Skin, rivela a Isabel che il suo vero nome è Vilandra.Michael e Maria raggiungono gli altri a Copper Summit e li salvano.

Gli Skin fanno scomparire tutti gli umani di Roswell (tranne Liz, Maria, Kyle e Valenti). Isabel viene catturata da Nicholas per fargli rivelare dove è il Granilith. Tess distrugge tutti gli Skin... Grazie a Maria tutto torna normale a Roswell.

I duplicati alieni arrivano a Roswell per convincere Max a partecipare al summit interstellare. Rath(Michael) e Lonnie(Isabel) ingannano Max informandolo anche di Vilandra. Alla fine Max e Tess vanno a New York, mentre Ava(Tess) resta a Roswell dato che ha paura di Rath...

Max e Tess sono a New York e Max viene condotto da l'Emissario che lo mette alla prova per determinare se lui sia davvero il loro re. Lonnie e Rath cercano di convincere Max ad accettare il trattato di pace offerto loro da Kivar, ma lui rifiuta. Max riceve un avvertimento da Liz...

E' Natale a Roswell:Max e Michael assistono ad una tragedia.. Maria scopre che Brody ha una figlia piccola malata di cancro: Max e Michael si recano all'ospedale per curarla. Max cura tutti i bambini malati della stanza della piccola e crolla a terra..

Isabel decide di entrare nei sogni della gente per avere un po' d'eccitazione in più ed è sorpresa quando entra in un incubo,una ragazza viene portata nel bosco in una sacca. Max chiede aiuto a Valenti e insieme ad Isabel si dirigono nel bosco e scoprono la ragazza sepolta viva.

Valenti viene sospeso dal servizio. Michael ha trovato un pezzo di materiale alieno blu: lo sceriffo Valenti la prende e tornando a casa trova Laurie. Liz, Maria e Isabel guardano con Alex le diapositive del suo viaggio in Svezia. Laurie rivela all'FBI che gli alieni sono a casa Valenti.

Michael, Maria e Laurie lasciano la città. I ragazzi vengono a sapere che la Terra è infettata da pericolosi e mortali parassiti, a causa dell'astronave precipitata 50 anni prima,gli alieni sono in pericolo di vita e devono lasciare la Terra...Michael e Maria portano Laurie alla villa di Tucson di suo nonno..

Max e gli altri scoprono che i cristalli alieni infettano certi umani con una imperfezione cromosomica, come Laurie. Kyle e Alex trovano la colonia parassita e scoprono che i cristalli non sopravvivono senza ossigeno. A Tucson Michael riesce ad uccidere regina dei parassiti e così muoiono anche quelli nella colonia.

I ragazzi partono per Las Vegas per rilassarsi un pò dopo le ultime vicende, ognuno passa il tempo come più gli piace e Max e Michael finiscono in carcere, dove riescono a parlare e chiarirsi. Max ha una visione in cui si vede mentre si sposa con Liz e ne parla subito alla ragazza. Lo sceriffo Valenti mette fine alla "gita" riportando i ragazzi a casa.

E' il giorno del ballo della scuola,Michael dice a Maria che non la porterà al ballo, Liz decide di chiedere a Max del ballo e i due decidono di andarci insieme. Isabel invita Alex e Kyle invita Tess. Nel frattempo Tess aiuta Max a ricordare la vita aliena e i due baciano visti da Liz....

Alex ha un incidente automobilistico, Liz va ad esaminare l'auto di Alex: all'interno trova la foto di Alex con la sua ragazza in Svezia, ma la testa di Alex è strappata. Liz scopre una ricevuta in cui al posto della firma di Alex c'è uno strano codice binario....

Liz indaga sulla morte di Alex ed ha dei sospetti sulla famiglia svedese che lo aveva ospitato, gli Olsen. Indagando a fondo scopre che Alex non è mai andato in Svezia e che gli Olsen non esistono....Tess e Max fanno l'amore..

Tess dice a Max di essere incinta: il termine di una gravidanza aliena è di un solo mese. Liz scopre che Alex stava cercando di decifrare il Libro del Destino: i risultati li ha mandati a Leanna. Michael porta la traduzione del Libro,in cui c'è la strada da seguire per tornare sul loro pianeta, adesso possono tornare a casa..

Brody, il gestore dell'ufo center, in stato confusionale a causa delle troppo intrusioni aliene nel suo cervello, prende in ostaggio i ragazzi insieme a Liz, Maria e sua madre. Maria riesce a farlo ragionare e Max lo guarisce...