La CIA e l'NSA scoprono che dietro al piano del Fulcrum di costruire un Intersect alternativo c'è un uomo chiamato "Perseus". Casey e Sarah vengono inviati in missione per scovarlo, mentre Chuck è costretto a stare in un bunker di sicurezza con l'agente Cole Baker. Nel frattempo, Morgan cerca di convincere Anna che convivere è una cattiva idea.