Chuck viene contatto dall'uomo che ha progettato l'Intersect e deve scegliere se fidarsi dei suoi angeli custodi, Sarah e Casey, oppure se ascoltare lo scienziato che sostiene di poter cancellare tutte quelle informazioni riservate dalla sua mente. Nel frattempo, è scoppiato un conflitto tra il Buy More di Burbank e quello più prestigioso di Beverly Hills.