Roberto Ardenzi lascia il comando del X Tuscolano per trasferirsi in Sicilia all'antimafia. Al suo posto arriva dalla calabria il baffuto commissario Marcello Fontana. S'indaga sulla scomparsa di un bambino di tre anni.

Luca e Anna soccorrono una giovane violentata nella notte da tre uomini a volto coperto. Per paura della reazione paterna la ragazza non dice che lo stupro è avvenuto appena fuori una discoteca gay. Fontana affida il caso a Luca che, per la sua storia personale, prende a cuore la vicenda.

Due tossicodipendenti alla ricerca disperata di denaro per una dose, rapinano un bar dove si trova Raffaele che non riesce a reagire e si fa rubare la pistola d'ordinanza. Alessandro aiuta l'amico a rintracciare la coppia di malviventi.

Alessandro e Raffaele indagano sul grave incidente capitato ad un sessantenne: sembra che la vettura da lui guidata sia stata colpita da un macigno lanciato dal cavalcavia. Intanto Luca nota che il suo vicino di casa, un bambino che si è affezionato a lui ed Anna e che sta sempre a casa loro, ha sul corpo chiari segni di maltrattamento.

Irene è nel negozio di strumenti per la chitarra di suo nipote quando arriva un pacco bomba che provoca una tremenda epslosione. Nina è stata rintracciata dal braccio destro di suo padre, a causa di una leggerezza di Berti. Arriva il maggiore della DIA Saverio Patrizi che il PM ha deciso di affiancare al programma di protezione del X Tuscolano...

Un bambino di dieci anni, segue uno sconosciuto in un furgone bianco. Il padre, angosciato, denuncia la sua scomparsa. Le indagini portano Anna a rivivere il trauma subito quand'era bambina col patrigno e a commettere un grave errore di valutazione. Intanto il commissario Fontana, preoccupato per la fuga di Nina, convince la sua amica a venire a Roma per darle un appuntamento.

Al X Tuscolano viene affidata un'operazione della massima importanza: portare all'inceneritore 50 chili di droga purissima sequestrata ad un narcotrafficante ricercato a livello internazionale. Intanto Nina si trova in un nuovo rifugio: ma suo padre è riuscito a parlare con lei e la ragazza non sa più se dare fiducia al suo amico commissario e collaborare con la giustizia...

Berti e Marchetti indagano sull'assassinio di un'irreprensibile trentenne segretaria di un importante broker finanziario. A ritrovare il corpo è la madre, preoccupata del silenzio della ragazza. Il commissario si occupa del difficile caso, impegnandosi anche a ricucire il rapporto con Nina: la ragazza infatti ha deciso che non vuole più collaborare ed è in partenza per una località segreta in Germania...

Lorenzo, direttore di una comunità di recupero per tossicodipendenti, chiede l'aiuto dell'agente Valli per risolvere con discrezione un delitto avvenuto nel centro. Irene è preoccupata perché nel casale risiede anche la sorella, che ancora non è riuscita a disintossicarsi e teme che possa essere implicata nella vicenda.

Un armiere della malavita viene ritrovato barbaramente ucciso nel retrobottega del proprio negozio-copertura. Gli agenti del X Tuscolano indagano e un vicino riconosce dalle segnaletiche, un anziano ladro esperto in casseforti, oggi in semilibertà. Nel frattempo le dichiarazioni di Nina, provocano molti arresti nel clan.

In seguito all'attentato subito dal commissario da parte del fuggitivo Morace, Parmesan rischia la vita per un infarto. Valli e Gori indagano sulla morte di una prostituta nigeriana che stava tentando di uscire dal giro, mentre Raffaele e Luca fanno una spiacevole scoperta su Giorgio, il nuovo fidanzato di Anna...

Fra i documenti del faccendiere ucciso, il commissario trova le prove di un orrendo delitto che permette l'arresto di Neri. Ma al momento del fermo il boss si sente male... Raffaele indaga sul tentato suicidio di una coppia salvata dal figlio quattordicenne. L'agente sospetta una storia di usura, da lui vissuta in prima persona, e rischia grosso con procedure poco ortodosse pur di incastrare il responsabile...

Una donna è violentata in casa propria da un uomo mascherato che sembra non aver lasciato tracce: la giovane, sconvolta, ricorda solo che l'aggressore aveva una lieve zoppia. Anna e Irene indagano sul caso che presenta analogie con altri stupri rimasti irrisolti.

Anna e Irene sono in un locale dove un'ubriaca sembra aver bisogno del loro aiuto. Le due agenti l' accompagnano a casa e scoprono il corpo senza vita del figlio autistico della donna. Ingargiola e Vittoria sono sulle tracce di un ipnotizzatore che spinge le sue vittime a consegnargli i propri risparmi. Neri ha chiesto un colloquio con la figlia che ha subito accettato.

Una bellissima ragazza albanese è sequestrata da un energumeno ma riesce a chiamare il X Tuscolano chiedendo aiuto... Ugo registra la sua chiamata. Il commissario consola Nina per lo scampato pericolo ma un fax ritrovato nel covo di Morace col tragitto che gli agenti avevano stabilito per raggiungere il carcere conferma la terribile ipotesi di una talpa...

Il pm decide di affidare la sicurezza di Nina esclusivamente al maggiore Patrizi. Ma il commissario sospetta che quest'ultimo sia connivente col clan Neri per l'eliminazione della giovane. Irene e Anna sono in crisi perché il caso di un barbone morto nella notte sembra coinvolgere in modo ambiguo il figlio della loro collega.

Nina viene operata dopo la terribile caduta dal terrazzo del palazzo in cui era nascosta. Il commissario e tutti gli agenti sono vicini alla coraggiosa ragazza che ha osato sfidare il padre e il clan di cui è a capo. Nel frattempo Corradi e l'agente di guardia vengono interrogati al distretto da Benvenuto: i due sostengono che la ragazza abbia tentato il suicidio.

Gli agenti del X Tuscolano si misurano col tentato suicidio di una bambina ucraina di dieci anni in affido temporaneo ad una coppia di italiani che la adorano... Il giudice è però irremovibile e stabilisce che la piccola torni subito al proprio paese. La lucidità di Fontana è messa a dura prova da un uomo che vuole obbligare la propria compagna a tenere il bambino che aspetta, arrivando a compiere un gesto eclatante...

Berti è il responsabile del distretto dopo l'allontanamento del commissario. Coordina il servizio di Anna e Irene, responsabili del trasferimento di una partita di vasellame antico di immenso valore. Raffaele informa Luca dei progressi realizzati nelle indagini su Giorgio e su una nuova pista.

Anna si butta sul lavoro per dimenticare la delusione appena subita. Berti chiede l'aiuto della Valli per la vicenda Neri: il boss ha ottenuto gli arresti domiciliari. Fontana visita la tomba del suo agente migliore, fatto uccidere da Neri. E fa uno strano incontro, che forse gli darà la forza di reagire.

Berti e Boni della scientifica indagano sull'omicidio di un senegalese avvenuto fuori della discoteca dove l'immigrato lavorava come cameriere. Fontana torna dal suo viaggio e affronta Neri, in attesa del processo. Rientra in servizio al X Tuscolano, accolto con gioia da tutti gli agenti. La sua prima mossa è interrogare Corradi.

Marchetti è costretto a confrontarsi col proprio doloroso passato. Nel frattempo la moglie del commissario, scopre che il figlio, a scuola, ha ricevuto da due sconosciuti un'esplicita minaccia alla loro sicurezza. Marcello fa mettere sotto scorta la famiglia e con Irene e Alessandro prepara una trappola per Morace.

Mentre tutti gli agenti sono alla ricerca del commissario, Berti e la Valli vengono chiamati dal medico legale che ha riconosciuto il cadavere della sorella della sua amica e chiede il loro aiuto sul difficile caso. La ragazza, bellissima, sembra essere stata gettata giù dalla rupe sovrastante il luogo del ritrovamento del corpo. Ma chi poteva avercela con una studentessa dalla vita apparentemente irreprensibile?

La Valli e Berti tentano di raccogliere più prove possibili contro Neri prima del processo finale. Anna, Luca e Raffaele indagano sulla morte di un prete accoltellato nella propria sagrestia. Il parroco, molto stimato dalla comunità di fedeli, sembra però nascondere un terribile segreto, forse causa del suo assassinio...

Che fine ha fatto il carico di droga che Neri e Mantovani aspettavano dal sudamerica? Ritrovarlo è l'unica speranza per il commissario. Tutti gli agenti del X Tuscolano sono impegnati in una corsa contro il tempo per ritrovare la droga prima che venga raffinata e immessa sul mercato. Fontana accetta la sfida, mettendo a repentaglio la sicurezza dei suoi cari.