Mentre Carter cerca di aiutare gli Asgard a combattere i Replicatori a distanza di molte galassie, allo stesso tempo Teal'c, Daniel, e O'Neill fanno tutto il possibile per contenere la loro avanzata sulla Terra.

Una razza aliena in guerra offre la sua avanzata tecnologia, ma in cambio vuole l’aiuto della Terra per sconfiggere i suoi nemici. L'SG-1 offre assistenza umanitaria per l'emergenza causata da una guerra contro una forza ostile.

I Tok'ra chiedono aiuto all'SG-1 per testare alcune armi di provenienza aliena. Queste armi attribuiscono a i membri del team dei poteri speciali che vengono usati a fin di bene, ma presto ci si rende conto che i poteri hanno una scadenza.

Shan'auc, vecchia fiamma di Teal'c, viaggia fino ad arrivare sulla Terra per chiedere aiuto visto che dice di aver trovato un modo per comunicare col simbionte e quindi sconfiggere i Goa'uld.

Durante una riunione dell'Alto Consiglio dei Tok'ra, un componente del Comando Stargate esce di senno e uccide un Tok'ra. Si apprende così che i Goa'uld hanno un nuovo tipo di arma che consente di controllare le menti e Jack e Sam potrebbero essere le prossime vittime.

O’Neill e Teal’c sono intrappolati in un anello temporale che li costringe a rivivere le stesse dieci ore a ripetizione dopo che uno scienziato alieno ha attivato un dispositivo progettato dagli Antichi per alterare il tempo.

I Russi chiedono aiuto al Comando Stargate rivelando di avere anche loro uno Stargate, che però è rimasto intrappolato su un pianeta alieno. Questa situazione, non solo danneggia il funzionamento della porta americana, ma anche mette a rischio la base russa.

Un team archeologico fa una sensazionale scoperta: trova infatti un pianeta sul quale sono presenti dei simbionti Goa'uld allo stato primordiale. Ma il pianeta ospita anche gli Unas, una specie che mette presto in pericolo i membri del team.

L'SG-1 aiuta gli schiavi tenuti dai Goa'uld su un pianeta a trasferirsi in un mondo completamente nuovo, ma presto si rendono conto che quel nuovo pianeta è oggetto di attenzioni da parte di un'altra razza aliena e si trovano nel bel mezzo di un conflitto.

I membri del team vengono rapiti e sottoposti a lavaggio del cervello: a tutti vengono dati ricordi di vite differenti e vengono impiegati come minatori. Hammond cerca di scoprire se i suoi uomini sono ancora vivi per un eventuale salvataggio.

Martin Lloyd, un teorico della cospirazione, chiama il Comando Stargate affermando di sapere tutto sullo Stargate. Inoltre l'uomo afferma di essere in possesso di una nave spaziale e viene per questo giudicato solo uno squilibrato.

Un test andato male alla X-301 spinge Jack e Teal'cDaniel Jackson nel frattempo cerca di trovare alleati di altri pianeti per la missione.

Quando il suo vecchio mentore muore in una esplosione in laboratorio, Daniel ritorna alla sua Università per scoprire che un antico manufatto Egizio contiene un simbionte Goa'uld e inizia a pensare che la morte del professore possa non essere stata un incidente.

Mentre si trovano su Chulak per dare aiuto durante una ribellione Jaffa, Teal'c viene fatto prigioniero dai Goa'uld. Il resto del team rimane all'oscuro del suo destino e allo stesso tempo deve impedire un'alleanza tra Apophis ed Heru-ur.

Quando il Generale Hammond annuncia di voler lasciare il suo posto al Comando Stargate, O'Neill non si convince e sospetta ci sia qualcosa dietro l'improvvisa decisione. E sembra proprio che Jack abbia un buon intuito...

Nove anni nel futuro, i Goa'uld sono stati sconfitti grazie ad un'alleanza con una razza aliena avanzata. Il teletrasporto e il viaggio attraverso lo Stargate sono ormai considerati una cosa del tutto comune, ma Carter scopre che la maggior parte degli umani è stata resa sterile.

Daniel salva il figlio di Apophis. Gli altri membri del team notano però uno strano cambiamento nel suo comportamento; quando viene infatti riunito all'Harcesis egli gli trasmette tutta la conoscenza dei Goa'uld.

Un membro di un altro team Stargate, di ritorno da un pianeta alieno, si suicida. Il resto dei componenti del suo gruppo entra in coma. La preoccupazione sale quando anche Daniel, che era stato su quel pianeta, tenta il suicidio.

Carter deve aiutare una promettente allieva dell'Air Force Accademy ad entrare al Comando SG, anche se la ragazza sembra voler sabotare il suo stesso futuro. Nel frattempo, O'Neill e Teal'c incontrano delle strane forme di vita su un altro pianeta.

Il Comando dello Stargate viene infettato da un virus di una sonda aliena che è in grado di insediarsi nei computer della base, accedendo così a dati sensibili e importantissimi che riguardano l'SGC e i suoi uomini.

La SG-1 deve salvare un pianeta alieno dai Goa'uld, e riceve aiuto da una fonte inaspettata. Teal'c cerca vendetta sul Signore del Sistema Cronus per essere il responsabile in passato dell'uccisione di suo padre.