Il Comando Stargate viene messo sotto attacco da parte di Anubi, che è in possesso di un dispositivo che è in grado di distruggere uno Stargate usandone un altro. Nel frattempo, Teal'c partecipa al funerale della moglie e suo figlio lo incolpa della morte.

Dopo aver avuto la prova che i Goa'uld non sono divinità e possono quindi essere sconfitti, Rya'c vuole convincere Teal'c a permettergli di unirsi alla battaglia. Intanto sulla Terra continuano gli sforzi per evitare la tragedia che comporterebbe l'esplosione dello Stargate.

Il team SG-1 sale a bordo di un'astronave madre Goa'uld misteriosamente apparsa alla deriva vicino al pianeta Terra. Le cose si complicano quando l'astronave comincia a precipitare verso la Terra e devono trovare il modo di salvarsi.

L'SG-1 arriva in Antartico dove un gruppo di scienziati ha ritrovato il corpo di una donna congelato. O'Neill e i suoi uomini sono impegnati nelle indagini quando vengono sorpresi e contagiati tutti da un misterioso virus.

Carter, Teal'c e Jonas conducono le indagini sulla morte di uno scienziato che sembra essere in qualche modo collegato con i Goa'uld. Essi scoprono così una piccola cittadina i cui abitanti fanno parte di un esperimento.

Jack viene catturato da un Goa'uld di nome Ba'al dopo che una missione condotta dal suo simbionte è andata per il verso sbagliato. La sua unica speranza di salvezza risiede nelle mani di Daniel Jackson.

Il mentore di Jonas Quinn torna a fargli visita per avvisarlo che la sua gente è pronta per usare un'arma pericolosa e dai potenziali effetti devastanti. Per questo chiede aiuto alla Terra e ai suoi uomini.

Mentre sta trasportando alcuni scienziati, il team SG-1 viene fatto prigioniero da un Goa'uld che in questo modo spera di ottenere qualche favore da Anubi. Un paio di scienziati riusciti a scappare devono provare a salvarli.

La tensione tra Jaffa ribelli e Tok'ra nella base extraterrestre del Comando Stargate è alle stelle quando entrambi i gruppi vengono attaccati da un assassino che però sembra proprio essere un nemico invisibile.

Un mondo alieno offre al team SG-1 una miracolosa medicina che sembrerebbe in grado di curare tutte le malattie. C'è da capire se il prezzo da pagare, che è alto, valga la pena per concludere l'affare.

Il segretissimo progetto Prometheus è pronto e durante un tour a bordo dell'X-303 un reporter e un gruppo di sabotatori mettono in pericolo il progetto stesso. I sabotatori sono alle dipendenze di una vecchia conoscenza dell'SG-1.

Usando la Prometeo, la SG-1 arriva su un pianeta che viene comandato da un Replicatore e dove il tempo scorre veloce grazie alla tecnologia Asgard. L'SG-1 spera di riuscire a stoppare il tempo in modo da invertire il processo di replicazione.

L'SG-1 fa ritorno sulla Terra con un antico dispositivo recuperato durante una missione. Questo però inizia a causare qualche problema: i membri del team cominciano a vedere forme di vita aliene ovunque.

Jack diventa il principale sospettato per le indagini sul tentativo di attentato al senatore Kinsey. I suoi colleghi del team SG-1 mettono insieme le loro forze per riuscire a dimostrare che Jack non è coinvolto.

Maybourne si offre di rivelare dove è ubicata una potente arma su un mondo extraterrestre, ma solo a patto che lui possa andare sul pianeta. Lo accompagna Jack, che però vi rimane intrappolato e deve cercare di sopravvivere.

L'SG-1 scopre che Nirrti è andato avanti negli esperimenti per riuscire a creare l'essere umano perfetto a partire da esseri umani usati come cavie. La squadra cerca di salvarli, ma ben presto rischia di diventare cavia a sua volta.

Il Generale Hammond, con l'appoggio del Pentagono, decide di rivelare l'esistenza dello Stargate ai governi dei principali e più importanti Paesi del mondo, cercando di far capire che il progetto è in buone mani.

La SG-1, in missione su un pianeta alieno, trova una nave che trasporta prigionieri distrutta e cerca di aiutare i tre superstiti a ripararla, ma si trova presto sotto attacco da parte di un gruppo di alieni.

Teal'c, per cercare di salvare Bra'tac attraverso il suo simbionte, comincia ad avere sogni in cui sia lui che il resto del team SG-1 sono dei pompieri e non riesce a distinguere quale sia la realtà e quale il sogno.

Durante un viaggio di prova della Prometeo, un guasto costringe il team SG-1 ad atterrare sul pianeta più vicino alla ricerca di uno Stargate. Il problema è che la porta è stata sotterrata in un posto sconosciuto.

La SG-1 si trova in missione su un pianeta i cui abitanti sono soggiogati a un Goa'uld. Jack ha un piano per liberarli, ma questo rischia di andare in fumo quando Jonas Quinn inizia ad avere visioni del futuro.