Mentre Carter e Teal'c cercano di raggiungere Thor nel tentativo di salvare O'Neil, si fanno vivi i Signori del Sistema con un'interessante richiesta. Ma compaiono anche i Replicatori.

I Goa'uld stanno minacciando la terra con lo scopo di mettere alla prova l'arma degli Antichi. Intanto l'SG-1 e gli Asgard compiono un ultimo e disperato tentativo di fermare i Replicatori, che hanno anche catturato il maggiore Carter.

Un Colonneallo dell'Aeronautica Militare Russa si unisce al Comando Stargate proprio nello stesso momento in cui compare anche un alieno. Questi inizia a prendere il sopravvento su tutti i componenti del Comando e Jack ordina la quarantena.

Sono passati solo cinque giorni da quando O'Neill ha preso il comando dell'SGC, ma egli deve subito confrontarsi con una situazione di emergenza: una pianta aliena in rapida crescita, la cattura del team SG-1 e un traditore tra i Signori del Sistema.

La scoperta dello Stargate provoca sul pianeta Tagalus una guerra civile. Daniel si risvegla ferito su questo pianeta, dopo che l'incontro tra i terrestri e questa nuova civiltà ha provocato la guerra civile.

Il Comando Stargate sta sperimentando una sedia che consente di accedere alla realtà virtuale, ma durante l'esperimento Teal'c rimane intrappolato in un loop virtuale nel quale deve difendersi dagli attacchi dei soldati di Anubi.

Teal'c si trasferisce in un nuovo appartamento dove ha subito problemi con il vicinato. Intanto, il fidanzato di Carter, le chiede di sposarla e quest'ultima deve decidere la risposta. Infine, Teal'c finisce nei guai e viene sospettato di rapimento.

Un ricco uomo d'affari dice di essere in possesso delle prove dell'esistenza di altre forme di vita su altri pianeti e chiede ai governi di rivelare la verità o sarà lui a farlo. L'Aeronautica cerca di screditarlo.

Teal'c è deluso di apprendere che suo figlio sta per sposare una donna Jaffa che lui crede non sia adatta per Rya'c. Allo stesso tempo Ishta arriva al Comando Stargate per dire che Haktyl è stato compromesso.

Lo Stargate viene rubato e si scopre che il piano è stato architettato dall'organizzazione Trust che ha in mente di eliminare i Jaffa e anche i Goa'uld servendosi della potente arma del veleno dei Tok'ra.

Il duplicato di Carter viene a chiedere aiuto per sconfiggere Quinto, il Replicatore di forma umana che potrebbe aver sviluppato l'immunità all'arma degli Asgard. In particolare, chiede di essere distrutta.

Il generale Hammond e Daniel vanno in missione sulla Prometheus per andare ad Atlantis. Ma il viaggio diventa pericoloso nel momento in cui un supersoldato prende il controllo della nave e fa Daniel prigioniero.

L'SG-1 viene inviata da Harry Maybourne per informarlo che un Signore del Sistema, Ares, sta per giungere sul pianeta nel quale è confinato. Nel farlo, essi scoprono quello che potrebbe essere una macchina del tempo.

Robert Kinsey contatta O'Neill per informarlo dei piani della Trust: sta cercando infatti di fare cadere il Governo degli Stati Uniti. Ma come sempre quando c'è di mezzo Kinsey i guai sono dietro l'angolo.

Jack viene sorpreso in casa da un barbiere furioso che dice di essere al corrente del programma Stargate e di avere informazioni sul team SG-1. O'Neill inizia a chiedersi se sia tutto vero o frutto di un'allucinazione.

I Replicatori minacciano l'intera Galassia dicendo di voler far fuori prima i Goa'uld e poi distruggere la Terra. Sam e Thor cercano quindi di costruire un'arma adeguata, mentre Teal'c e Brata'c guidano i ribelli Jaffa.

Il duplicato di Carter cerca di usare la mente di Daniel per ottenere le conoscenze degli Antichi, mentre Jacob e la vera Carter stanno ancora cercando l'arma su Dakara che potrebbe aiutarli a sconfiggere i nemici.

Mentre Daniel si ritrova in uno strano limbo, sospeso tra la vita e l'Ascensione, il destino di Jacob vira verso una direzione inaspettata; invece Jack e Sam prendono in considerazione la loro vita sentimentale.

L'SG-1 e il Generale O'Neill decidono di tornare indietro nel tempo nell'Antico Egitto ai tempi in cui comandava Ra per recuperare uno ZPM. La missione riesce, il problema è che l'intervento dei Jaffa rischia di alterare il futuro per sempre.