Cameron Mitchell arriva per unirsi al team SG-1, ma egli apprende dal generale Handry che il team è stato smantellato. Infatti tutti gli altri componenti della squadra sono stati assegnati ad altri incarichi.

Daniel Jackson e Vala sembrano essere stati trasportati nei corpi di due persone che si trovano in una galassia lontana, su un pianeta popolato da adoratori di una misteriosa e strana entità che si trova là.

La squadra SG-1 fa l'incontro di un gruppi di missionari per una razza di "divinità" che hanno tolleranza zero nei confronti dei miscredenti. Essi sono gli Ori, per molti versi simili agli Antichi ma molto più intransigenti.

Per potersi liberare dal legame creato dal braccialetto Jaffa, Daniel e Vala devono riuscire a localizzare l'oggetto e restituirlo al legittimo proprietario a cui la donna l'aveva rubato in precedenza.

L'SG-1 e Vala sono su un pianeta dove quest'ultima viene venerata come se fosse una Qetesh. Per far capire al popolo che gli Ori non sono vere divinità, Vala decide di raccontare la verità su di sé, ma questo avrà conseguenze spiacevoli.

Quando gli Ori creano un campo di forza attorno a un pianeta libero dei Jaffa, il Generale Landry ordina a Carter di usare un arma che lei stessa ha disegnato da rivolgere contro le forze Ori per poterle sconfiggere.

Un Jaffa viene trovato in una piccola cittadina americana e questi minaccia di attivare una bomba naquadah nascosta da qualche parte sul suolo statunitense se la squadra Stargate si metterà a seguirlo.

L'SG-1 viene attaccata dai Jaffa di Sodan e durante una battaglia Mitchell rimane ferito. Pensando che il Jaffa che combatteva con lui sia morto, Mitchell viene portato da altri Jaffa su un pianeta per essere addestrato a un combattimento a morte.

L'SG-1 trova un ibrido Goa'uld-Umano in stasi in un laboratorio Goa'uld. Essi decidono di portarlo sulla Terra per condurre degli studi e le indagini rivelano che in realtà esso è stato creato a partire dal DNA di Anubi.

Dopo che un ufficiale del Comando Stargate torna sulla Terra avendo contratto a sua insaputa un pericoloso virus che per questo inizia a diffondersi negli Stati Uniti. Gli uomini di SG avranno però un insperato alleato per trovare una cura.

Alcuni membri del Comando Stargate cominciano ad essere infettati dal virus e Mitchell e Daniel cercano di catturare un Priore per bloccare i suoi incredibili poteri grazie a un dispositivo che hanno a disposizione.

L'SG-1 viaggia fino ad arrivare ad un pianeta protetto dagli Asgard. Il colonnello Mitchell viene però accusato di un crimine che non ha commesso. Il problema è che egli ha alcuni ricordi che invece dimostrano il contrario.

A causa di un malfunzionamento dello Stargate, il Comando si trova ad essere ad un punto di convergenza di universi paralleli che creano versioni alternative dell'SG-1 e di alcuni loro alleati ormai scomparsi.

Ba'al rapisce e fa il lavaggio del cervello ad alcuni membri dell'Alto Consiglio Jaffa. Nel frattempo Mitchell è combattuto se rivelare o meno del progetto SG-1 a un amico sul punto di morte, visto che l'amico avrebbe potuto prendere il suo posto in passato.

L'SG-1 e la Prometheus viaggiano fino a Tegalus per fermare un protettorato di Rand che continua a usare una potente arma fornita dagli Ori per distruggere i loro nemici: i Caledoniani. Le cose si complicano quando Daniel viene catturato...

Il Comando dello Stargate apprende che alcuni commercianti stanno contrabbandando una nuova droga che provoca forte dipendenza e per questo l'SG-1 viene inviata ad indagare. Non tutto va per il meglio, soprattutto quando lo stargate sul pianeta di destinazione scompare.

Mentre un gruppo di delegati stranieri sta visitando il Sito Gamma, uno sciame di insetti collegati agli Ori scappano dal loro contenitore. Il problema è che lo sciame si adatta diventando carnivoro e altamente pericoloso.

Carter e Mitchell si ritrovano intrappolati su un pianeta dove nessuno può notare la loro presenza perché sono invisibili agli occhi di tutti. Sam cerca di riportare le cose alla normalità, ma l'impresa è tutt'altro che facile.

Usando un canale di comunicazione, Vala riesce a mettersi in contatto con l'SG-1 e in particolare con Daniel. La donna riesce quindi a informare la squadra di quello che succede ed è successo nella galassia degli ori.