Sono passati diversi anni dagli eventi di Ultraman. Il leggendario “Gigante di Luce” (光の巨人 Hikari no Kyojin) è ormai solo un ricordo, tutti sono convinti che sia tornato a casa dopo aver sconfitto i giganti alieni che avevano invaso la Terra. Shinjiro, il figlio di Shin Hayata, sembra possedere una strana abilità, ed è proprio questa capacità, insieme alla rivelazione che suo padre fosse il vero Ultraman, che porta Shinjiro a scegliere di combattere contro i nuovi alieni che invadono la Terra, in qualità di nuovo Ultraman.