L'Enterprise è in missione per trasportare un pericoloso virus su una base stellare con la speranza di trovare una cura, quando Deanna Troi rivela all'equipaggio di essere inspiegabilmente incinta. Il bambino che darà alla luce potrebbe essere un pericolo per tutti i colleghi.

L'Enterprise viene intrappolata da un essere in un vuoto spaziale con l'obiettivo di studiare come reagiscono gli umani di fronte alla morte. Questo significa che i membri dell'equipaggio vengono uccisi a uno a uno per vedere la loro reazione.

Data è impegnato in una simulazione di Sherlock Holmes sul ponte ologrammi. Tuttavia il gioco diventa pericoloso quando l'androide crea una versione in ologramma della nemesi di Sherlock Holmes, ossia il Professor Moriarty.

Dopo aver accolto sull'Enterprise un affascinante commerciante, Picard si trova a gestire una difficile situazione di triangolo amoroso. Nel frattempo Data vuole imparare che cosa significhi effettivamente la parola "comicità".

Una guerra civile planetaria con conseguenze drammatiche rischia di continuare quando la capacità di comunicare del negoziatore che l'Enterprise trasporta a bordo viene distrutta da alcuni terroristi. Il negoziatore viene infatti reso sia sordo che muto.

Data viene posseduto dalla coscienza di un brillante scienziato, tuttavia questo ha un impatto anche sul suo comportamento e sul suo carattere. L'equipaggio si trova dunque di fronte a un dilemma morale per decidere come risolvere la situazione.

Un misterioso virus che accelera il processo di invecchiamento uccide tutto l'equipaggio di una nave della Federazione. La dottoressa Pulaski deve poi fare una corsa contro il tempo per trovare una cura quando lei stessa rischia di morire.

Riker diventa un ufficiale sull'incrociatore "Pagh" dei Klingon. Questo cambiamento è dovuto a un programma di scambio con la Federazione, ma le cose a bordo della nave dei Klingon sono molto diverse: per fare carriera bisogna sfidare i superiori.

Data viene messo in discussione come individuo e soprattutto riguardo ai suoi diritti da un ufficiale della Flotta Stellare che vuole smantellarlo per costruire altri androidi come lui. Toccherà a Riker il compito di cercare di difenderlo.

Wesley ha una cotta per un passeggero che l'Enterprise sta trasportando, ossia un'aliena femmina che però possiede anche pericolose abilità. E' infatti in grado di cambiare le proprie sembianze e la propria forma.

Una strana fonte di energia provoca un guasto al sistema informatico dell'Enterprise e anche sul programma di Data. Tutto questo fa sì che la nave e il suo equipaggio siano completamente vulnerabili agli attacchi dei Romulani.

L'Enterprise sta indagando su alcuni resti spaziali e Worf, Data e Riker si imbattono in uno strano ambiente alieno che è basato sul romanzo "Hotel Royale". Lì scoprono i resti di un astronauta che sembra essere vecchio di molti secoli.

Sull'Enterprise arriva un altro capitano Picard che proviene da sei ore nel futuro. Il Picard del futuro è ancora scosso e quasi incapace di comunicare, dopo aver visto impotente la sua Enterprise essere distrutta.

Riker viene promosso capitano di un'altra nave spaziale della Federazione, ma è troppo amareggiato nei confronti del padre. Intanto Worf mostra segni di violenza e depressione, causati da un gruppo di amici che decidono di preparargli un rituale tradizionale.

Data chiede aiuto a Wesley, che è nella sua prima missione per imparare a diventare un leader, per proteggere una ragazza aliena con la quale è in contatto. Questo rapporto però viola la Prima Direttiva.

L'Enterprise incontra ancora una volta Q, che è tornato per sfidare l'arroganza umana. Il super-essere trascina la nave spaziale in un luogo sconosciuto nel quadrante Delta facendola entrare i contatto con un nemico temibile: i Borg.

I Packled sono una specie aliena lenta ma comunque insidiosa, che però vengono sottovalutati da La Forge che viene fatto prigioniero. L'equipaggio, che deve fare a meno del capitano Picard, deve trovare una soluzione per liberare l'amico.

Picard viene chiamato in aiuto da una razza di cloni che rischia l'estinzione. Tuttavia, l'unico modo per salvarli sembra essere quello di fornire loro del DNA "fresco" per la riproduzione. Il problema è che non tutto l'equipaggio è d'accordo con questa soluzione.

L'ambasciatore Lwaxanna Troi torna sull'Enterprise, ma sta vivendo la fase in cui i Betazoidi hanno il desiderio sessuale quadruplicato. Oggetto delle sue attenzioni diviene il capitano Picard, che cerca invano di rifugiarsi sul ponte ologrammi.

K'Ehleyr, che ha avuto in passato una storia con Worf, arriva sull'Enterprise per aiutare a risvegliare l'equipaggio addormentato di un antico incrociatore da guerra Klingon. Questo provocherà una battaglia, ma anche il risveglio dei veri sentimenti di Worf.

Picard, sotto la guida di un maestro stratega, sbaglia e provoca involontariamente una potente nave ferengi e danneggia l'Enterprise. A questo punto sarà Riker a dover prendere le redini e cercare un rimedio.