Il capitano Janeway si vede costretta a siglare un'alleanza con i Borg: in cambio di un passaggio sicuro nello spazio da loro controllato garantisce il supporto medico e la tecnologia per riuscire a sconfiggere la specie 8472.

Sette di Nove, il drone che viene allontanato dal collettivo dalla Voyager, cerca di resistere intanto che la psicologia umana presente in lei si sta rigenerando. Il capitano Janeway la aiuta e cerca di convincerla ad unirsi al suo equipaggio.

Mentre Sette di Nove è ancora alle prese con la sua umanità, Janeway cerca di aiutare una specie aliena che è stata quasi del tutto assimilata dai Borg. Intanto, il "Giorno dell'onore" dei Klingon si trasforma in una giornata sfortunata per B'Elanna.

Chakotay si trova abbandonato su un pianeta dove è in corso una guerra tra i popoli. Quando si trova sul posto, egli viola la Prima Direttiva aiutando i soldati del pianeta che lo hanno scoperto.

B'Elanna e Il Dottore rispondono a una chiamata di aiuto e vanno in soccorso dell'unico sopravvissuto di un'astronave danneggiata. Quando arrivano a bordo scoprono che si tratta in realtà di un ologramma malfunzionante.

Mentre il capitano Janeway è impegnata nel tentativo di ottenere un passaggio attraverso una zona di spazio controllata da una specie di alieni xenofoba, Sette di Nove è convinta che i Borg stiano cercando di contattarla.

Quando i membri dell'equipaggio vengono colpiti da strane malattie ogni ora che passa, Sette di Nove sembra essere l'unica in grado di isolare il virus per le persone a bordo dell'astronave USS Voyager.

L'Impero Krenim cerca di tornare ai fasti del passato usando una potente arma temporale che è in grado di distruggere i nemici. Quando l'Impero scopre che la Voyager che è di passaggio ostacola i loro piani, l'astronave della Federazione diventa il bersaglio successivo.

Dopo aver incontrato un'astronave dei Krenim, Janeway cerca disperatamente di riparare i danni subiti dalla Voyager potendo contare solo su un equipaggio decimato. Intanto, Paris e Chakotay si trovano sulla nave nemica.

Mentre si trova in permesso su un pianeta di alieni con poteri telepatici, B'Elanna viene arrestata e accusata per un omicidio a causa dei suoi pensieri violenti. La legge infatti del pianeta non consento questo tipo di pensieri.

Dopo che alcuni pirati hanno rubato della tecnologia della Federazione dalla USS Voyager, Janeway e Tuvok si mettono sulle loro tracce cercando di trovare il loro pianeta d'origine. Durante la ricerca scoprono che Leonardo Da Vinci li sta aiutando.

Neelix viene ucciso durante una missione, ma viene riportato successivamente in vita grazie ad una tecnologia Borg modificata. Dopo questa esperienza, Neelix comincia a riflettere su tutte le cose che gli sono state insegnate sull'aldilà.

La Voyager viene attaccata da una specie di alieni che vive in stato di veglia. A questo punto tocca a Chakotay, che è esperto di questa fase del sonno, trovare il modo per fermare gli alieni e salvare l'equipaggio.

Quando la Voyager scopre un vecchio sistema di comunicazione e trasporto verso il Quadrante Alfa, l'equipaggio decide di inviare Il Dottore su una nave sperimentale della Federazione. Quello che però non sanno è che ora la nave è controllata dai Romulani.

L'equipaggio della Voyager è felice di essere riuscito a mettersi in comunicazione con la Flotta Stellare grazie al canale di comunicazione appena scoperto. Tuttavia gli uomini dell'astronave devono stare all'erta perché minacciati da una specie aliena di cacciatori.

La Voyager incontra una nave degli Hirogen danneggiata e fa trasferire in infermeria il capitano che è ferito. Sette di Nove cerca di convincere Janeway che non è una buona idea, visto che quando si sarà rimesso riprenderà la caccia alla sua preda.

Mentre sta sistemando i sistemi della Voyager con le armi appena acquistate, Sette di Nove accusa Kovin, il commerciante di armi, di averla assalita. E' questo il motivo per cui Kovin viene colpito violentemente al volto.

Gli Hirogen catturano e salgono a bordo della Voyager di cui prendono il totale controllo. Essi inoltre usano il ponte ologrammi per creare svariati scenari che utilizzano poi per dare la caccia ai vari membri dell'equipaggio.

Dopo essere riuscita a recuperare la propria identità sul ponte ologrammi, il capitano Janeway cerca di risvegliare il resto dell'equipaggio e riprendere il controllo dell'astronave grazie anche all'aiuto di Sette di Nove.

Un alieno che dice di essere un pilota collaudatore arriva sulla Voyager. Egli ha l'abilità di far cambiare i corpi e, così facendo, riesce a prendere il posto di Tom Paris e di conseguenza il comando dell'astronave.

Janeway e Sette di Nove cominciano una segretissima operazione, in seguito al verificarsi di uno strano disturbo spaziale, che lascia tutto l'equipaggio sconcertato. Chakotay riesce poi a convincere le due donne a coinvolgere anche gli altri ufficiali.

Uno strano alieno femmina arrivato sulla Voyager dice di essere innamorato di Chakotay e allo stesso tempo chiede asilo. Tuttavia, il diretto interessato non ha alcun ricordo di aver incontrato l'aliena in passato.

700 anni nel futuro, Il Dottore è chiamato a difendere la Voyager e la memoria del suo equipaggio. Infatti, una specie aliena afferma che la nave da guerra Voyager è stata responsabile di numerosi crimini e omicidi.

Le scorte di deuterio della Voyager sono esaurite e per questo vengono disattivati tutti i dispositivi non essenziali. Sette di Nove scopre nelle vicinanza un pianeta di classe "Demon" dove è possibile trovare rifornimenti.

Sette di Nove deve vivere un periodo praticamente in completa solitudine, visto che l'intero equipaggio deve entrare in stasi protettiva per circa un mese al fine di superare indenne una pericolosa nebulosa.