Il team in ricognizione ha come missione quella di infiltrarsi nel Collettivo dei Borg e mettere in atto il piano che prevede la loro distruzione. Questo potrebbe comportare la scomparsa dell'Unimatrice Zero.

La vita di Sette di Nove viene messa in pericolo quando i suoi impianti oculari sono vittima di un malfunzionamento. Il capitano Janeway e Il Dottore cercano un modo per salvarla, fino a che Icheb prende le redini della situazione.

Paris e Kim decidono di partecipare ad una gara che celebra la pace tra quattro razze aliene in guerra tra loro nel passato. Nel frattempo, B'Elanna inizia a chiedersi se lei e Tom sono fatti per stare insieme.

Alcuni ex-membri dei Maquis sono vittima di una serie di attacchi a bordo della USS Voyager. Tuvok viene messo a capo delle indagini per scoprire i colpevoli e ben presto scopre degli indizi inaspettati.

Il Dottore è vittima di un rapimento. Egli viene portato in un ospedale dove è costretto a lavorare seguendo le loro regole: lì infatti i pazienti non vengono trattati su base paritaria ma in base alla loro appartenenza sociale.

Un ologramma di Barclay viene ricevuto dalla Voyager e avvisa che ha intenzione di riportare l'astronave a casa nel giro di tre giorni. Presto però Il Dottore diventa sospettoso del comportamento del Barclay olografico.

Quando la Delta Flyer viene attaccata dai Lokirrim, Sette di Nove è costretta a nascondere il programma del Dottore scaricandolo all'interno del suo corpo. Intanto sulla Voyager Tuvok entra nella fase Pon Farr.

Mentre si trova alla ricerca di dilitio, la Delta Flyer sotto il comando di Harry Kim va in aiuto di un'astronave che si trova sotto attacco. Essi sono convinti che l'astronave sia in missione umanitaria.

La Voyager riceve una chiamata di soccorso da un campo di addestramento Hirogen, poiché le loro prede olografiche sono diventate troppo pericolose per i cacciatori. La Voyager si allea agli Hirogen per risolvere il problema.

Gli ologrammi ribelli rapiscono B'Elanna nella speranza che possa aiutarli a rendere il loro generatore di campo completamente funzionante. Intanto la Voyager si muove in segreto per riuscire a salvare B'Elanna.

La Voyager passa nei pressi di un'anomalia temporale: questa fa sì che nelle diverse zone della nave i membri dell'equipaggio possano vivere momenti diversi del tempo. Solo Chakotay sembra essere immune dai cambiamenti del tempo.

Tom e B'Elanna sono felici di apprendere la notizia che avranno un bambino. Tuttavia, quando i due apprendono che il figlio avrà caratteristiche Klingon predominanti, B'Elanna inizia ad avere ricordi della sua difficile infanzia.

L'equipaggio della Voyager è costretto a fare i conti con le propria etica nel momento in cui incontra una nave adibita al trasporto di prigionieri condannati che appartiene a una razza aliena con un diverso sistema giudiziario.

La Voyager incontra un gruppo di nomadi Klingon che hanno lasciato il Quadrante Alfa ormai 80 anni prima e che sono alla ricerca di un salvatore che li possa guidare verso la loro terra promessa. Ora essi credono che il figlio di Tom e B'Elanna sia il loro salvatore.

La Voyager viene spinta verso una zona vuota di subspazio dove le astronavi sono costrette a darsi battaglia per riuscire a ottenere le risorse energetiche utili alla sopravvivenza. L'unica speranza di salvezza è un'alleanza per uscire dal "Vuoto".

Chakotay, Kim e Neelix tornano da una missione e trovano la Voyager completamente abbandonata e deserta. A bordo è rimasto solamente Il Dottore. Il resto dell'equipaggio è entrato a far parte della forza lavoro aliena e i loro ricordi sono stati completamente cancellati.

Chakotay deve riuscire a convincere Janeway e gli altri membri dell'equipaggio che in precedenza erano a bordo della Voyager. Le cose però si complicano quando Chakotay viene catturato e interrogato dagli alieni.

Sette di Nove vuole impegnarsi a migliorare le sue abilità nella socializzazione e per questo motivo si fa aiutare da un programma sul ponte ologrammi. Ben presto però questo diventa un'ossessione e l'ufficiale dimentica persino i suoi doveri.

Quando il figlio di Q diventa incontrollabile e del tutto indisciplinato, il padre decide di affidarlo per una settimana alla supervisione del capitano Janeway in modo da riportarlo sulla retta via dell'obbedienza.

Una comunicazione diretta viene stabilita con la Voyager che permette a ciascun membro dell'equipaggio di poter comunicare con i loro familiari e amici. Intanto Il Dottore scrive un romanzo che crea disaccordo sull'astronave.

Dopo aver stabilito un contatto ormai stabile con il Quadrante Alfa, la Voyager riceve una nuova missione da parte della Flotta Stellare: recuperare una sonda inviata nel passato dalla Federazione e chiamata Friendship Uno.

Una strana barriera di energia colpisce la navicella a bordo della quale stanno viaggiando Sette di Nove e Chakotay e li fa precipitare su un pianeta abitato da una razza aliena estremamente primitiva.

Quando la Voyager scopre una colonia di Talassiani oppressi su un asteroide, Neelix si sente in dovere di aiutarli. Trascorrendo del tempo con loro e costruendo un legame, egli sarà poi costretto a prendere una difficile decisione.

Il Dottore è costretto a impersonare vari membri dell'equipaggio quando il capitano Janeway viene presa in ostaggio. I rapitori vogliono solo una cosa in cambio: il nucleo a curvatura che si trova all'interno della Voyager.

23 anni dopo il lungo viaggio della Voyager per tornare a casa nel Quadrante Alfa le cose sono molto cambiate: Janeway è diventata ammiraglio, Harry Kim ha i gradi di capitano, mentre il Dottore si è sposato e ha anche un nome. Ma sono successe anche cose spiacevoli, come la morte di Sette di Nove.