Una task force Klingon arriva sulla Deep Space Nine con l'apparente obiettivo di aiutare la Federazione nella battaglia contro il Dominio. Il capitano Sisko però non è del tutto convinto e per scoprire le loro vere ragioni porta a bordo della DS9 l'ufficiale Worf.

I Klingon decidono di attaccare Cardassia in modo da rovesciare il nuovo Governo che si è da poco instaurato. La Deep Space Nine tuttavia interviene e riesce a salvare il Governo, ma finisce lei stessa sotto attacco da parte dei Klingon.

Un incidente che avviene sulla Defiant coinvolge Sisko che viene intrappolato nel subspazio. Suo figlio Jake trascorre il resto della sua vita nel tentativo di salvare il padre che è ora costretto a tornare nello spazio normale solo per qualche secondo dopo molti anni.

O'Brien e Bashir vengono rapiti da un gruppo di Jem'Hadar che vogliono costringerli a trovare la cura alla loro naturale dipendenza da un enzima che permette loro di sopravvivere. Tale enzima viene gestito dal Dominio.

Gul Dukat chiede aiuto a Kira per rintracciare una prigioniera di guerra Bajoriana. Si tratta di sua figlia Ziyal, metà cardassiana e metà bajoriana. Kira scopre però che i motivi che spingono Dukat a ricercarla sono diversi.

Jadzia Dax rischia l'esilio dal proprio pianeta, quando scopre di provare ancora dei sentimenti di passione per una Trill in visita su DS9, la quale era la moglie di uno dei precedenti ospiti di Dax.

Mentre si trovano in viaggio verso la Terra per raggiungere l'Accademia della Flotta Stellare, Quark, Rom e Nog vengono catapultati indietro nel tempo: arrivano sulla Terra nella piccola cittadina di Roswell nel 1974.

Durante le trattative con i Karemma, la Defiant viene attaccata e danneggiata seriamente dai Jem'Hadar. Dopo la battaglia la navicella spaziale si trova a vagare in uno spazio ostile e il capitano Sisko è gravemente ferito. I Jem'Hadar intanto continuano a cercarli.

Jadzia, Worf e Kor si mettono alla ricerca della spada di Kahless che dovrebbe riuscire a riunificare l'Impero Klingon. I tre tuttavia non sanno che durante la loro ricerca sono seguiti da nemici poco raccomandabili.

Un incidente durante il trasporto fa sì che tutti i principali membri dell'equipaggio della Deep Space Nine vengano intrappolati nello scenario artificiale creato da Bashir e che riproduce le avventure di James Bond.

Sisko e Odo vengono nominati dal Presidente della Federazione a capo della Sicurezza sulla Terra in seguito a un'esplosione verificatasi durante una conferenza diplomatica. C'è il timore che il Dominio possa essersi infiltrato sulla Terra.

Sulla Terra entra in vigore la legge marziale e vengono inviate truppe della Federazione per difenderne la sicurezza, visto che si teme per un'imminente invasione del Dominio. Le indagini di Sisko tuttavia rivelano che le cose potrebbero essere diverse da come sembrano.

Odo riceve l'ordine di difendere e tutelare la sicurezza del Primo Ministro Shakaar. Tuttavia egli comincia a diventare geloso dell'uomo quando Kira sembra essere coinvolta sentimentalmente dal Primo Ministro.

Gul Dukat chiede l'aiuto di Kira per rintracciare una nave Klingon che ha distrutto un avamposto cardassiano. Se egli riuscirà a portare a termine la missione con successo, verrà riammesso nel Governo cardassiano.

Kurn, il fratello di Worf, arriva sulla base spaziale Deep Space Nine con un'insolita richiesta. Egli chiede al fratello di essere ucciso, visto che Worf ha disonorato la sua famiglia e lui non riesce a vivere con tale vergogna.

Rom decide di infrangere la legge dei Ferengi quando organizza un sindacato per migliorare le condizioni di lavoro e i diritti dei lavoratori ai quali Quark sottopone i suoi dipendenti. Quark si ritrova quindi attaccato da tutti.

Dopo 200 anni dalla sua scomparsa, un poeta Bajoriano riemerge dal tunnel spaziale sostenendo di essere lui il vero Emissario. Sisko è ben lieto di cedere il suo posto, ma quando l'uomo inizia a sostenere tradizioni discriminatorie il capitano è costretto a tornare sulla sua decisione.

Worf deve fronteggiare la richiesta di estradizione nel suo pianeta natale dopo che egli ha distrutto una nave da trasporto dei Klingon. Le accuse sono pesanti: è il solo responsabile della morte di 441 persone.

Gli Argrathi accusano ingiustamente O'Brien di spionaggio. La condanna per lui è quella di ricevere un impianto nel cervello che gli fa credere di essere stato in prigione per 20 anni e include anche i ricordi della prigionia.

Sisko è impegnato nell'universo dello specchio nell'aiutare una banda di ribelli a combattere un'alleanza fra Klingon e Cardassiani. La sfida per lui sarà quella di riuscire ad attivare la Defiant dello specchio.

Lwaxana Troi arriva sulla Deep Space Nine durante la gravidanza ed è preoccupata che il padre del bambino, un Tavniano, le porti via il figlio. Per riuscire ad evitare ciò, Odo si offre di sposarla. Intanto Jake trova ispirazione in un alieno.

Sisko scopre che Kasidy sta trafficando medicinali illegalmente consegnandoli ai Maquis. Tuttavia i motivi che spingono l'ufficiale di sicurezza a condurre le indagini sono tutt'altro che onorevoli.

Sisko e i suoi uomini devono catturare un gruppo di Jem'Hadar e sono costretti ad allearsi con un gruppo di Jem'Hadar che vuole anch'esso catturare i rinnegati. L'equipaggio e il capitano devono sopportare minacce di morte e promesse di vendetta pur di catturarli.

Bashir e Dax sono impegnati nella ricerca di una cura per un virus che si sta espandendo su un intero pianeta e che è stato diffuso dai Jem'Hadar. Essi volevano infatti punire il pianeta per aver disobbedito al Dominio.

Quando Quark si convince di essere destinato a morire in breve tempo, egli decide di vendere in anticipo i suoi resti per trarne profitto. Quando però scopre che la diagnosi era errata, non sarà facile tornare sui suoi passi. Nel frattempo Keiko viene ferita gravemente.