Sidney va in missione sotto copertura in un istituto di igiene mentale, dove vuole ottenere informazioni da Shepard, un uomo inconsciamente programmato per essere un assassino. Sidney inoltre si convince sempre di più che sia Jack il vero responsabile della morte di sua madre. Will intanto scopre la vera identità della donna che le ha parlato di Danny, mentre Francie è sollevata nello scoprire che Charlie non ha un'amante.