Al fine di riuscire a catturare Khasinau e di ottenere ulteriori informazioni sulla madre di Sidney, quest'ultima e Vaughn organizzano uno scambio con Sark. Le cose si complicano quando anche un agente dell'SD-6 viene mandato sul posto. Will scopre l'identità di uno dei suoi assalitori, mentre Emily confessa a Sidney di essere a conoscenza dell'SD-6.