Sidney si trova faccia a faccia con sua madre Irina Derevko che mette subito in chiaro quali sono le sue intenzioni nei confronti della figlia. Sidney continua poi a cercare Vaughn, non sapendo se sia vivo o morto dopo essere stato investito dal muro d'acqua a Taipei. Intanto la vita di Will è irrimediabilmente cambiata dopo aver scoperto la doppia vita di Sidney.