Jack, Sidney e Irina devono mettere da parte le loro divergenze e andare in missione sotto copertura come una famiglia felice per riuscire a rintracciare sei testate nucleari in una nazione nemica. Intanto Sloane annuncia allo staff che Sark lavorerà per l'SD-6; più tardi viene contattato da un misterioso gruppo che sostiene che Emily sia ancora viva.