Sidney riesce finalmente a trovare un collegamento con il suo passato: si tratta di Simon Walker, leader di un'organizzazione che è alla ricerca di armi biologiche potenzialmente mortali. Vaughn deve fare i conti con i sentimenti di gelosia che prova e con la pressione che il suo lavoro ha messo sul suo matrimonio. Jack, per proteggere sua figlia, rivela un segreto che la riguarda a Dixon.