Dopo aver fatto una sorprendente scoperta nel deserto, Sidney decide di sottoporsi a una terapia sperimentale con lo scopo di far riaffiorare i suoi ricordi. Sotto lo sguardo di Jack e Vaughn, la terapia si dimostra più difficile del previsto. Nel frattempo Lauren cerca di trovare un alibi credibile per giustificare la sua fuga dall'NSC.