Sidney e Jack cercano di far aprire gli occhi a Vaughn sulla possibilità che sia Lauren la talpa all'interno della CIA. Intanto Bomani e Sark riescono a impossessarsi del macchinario di Rambaldi e Sidney e Vaughn sono in missione per fermare il virus sprigionato dalla Convenzione. Infine, Jack apprende il segreto di Sloane, mentre Bomani comincia a dubitare delle capacità di Lauren.