Dixon convince Sidney ad aiutarlo a provare che Sloane sta in realtà facendo il doppio gioco e servendosi dell'APO per rubare un indice nel quale sono contenuti dei contatti e che il suo scopo sia quello di ricostruire l'Alleanza. Per questo Sidney si introduce in casa sua e mette sotto controllo il telefono, ma viene scoperta da Nadia. Nel frattempo Vaughn fa visita a suo zio, che è in stato comatoso, e scopre qualche informazione su suo padre.