Il team continua a decifrare gli indizi forniti da uno psicopatico in modo da salvare le sue vittime più recenti. Gideon decide di non focalizzarsi sugli aspetti personali del caso. Al team dice piuttosto di tracciare un profilo del killer come farebbero in qualsiasi altro caso del BAU.

Un bambino scomparso da circa un anno riappare nelle foto che un pedofilo ha messo in vendita in un'asta online. Un ex profiler, che adesso lavora nell'Innocent Images Unit dell'FBI, chiede aiuto a Gideon e al BAU per salvare la vita del ragazzo.

Il BAU ha ragione di credere che una serie di delitti sono stati commessi da due persone che lavorano in team. Le famiglie delle vittime infatti iniziano a ricevere DVD dopo ogni crimine.

Il BAU è chiamato ad investigare su di una serie di rapine in banca quando risulta chiaro che i crimini non sono basati sul denaro poiché il rapinatore si concentra sulla violenza sulle sue vittime, costringendole a spogliarsi prima che lui lasci la scena del crimine.

Il BAU investiga su di uno stupratore seriale che ha attaccato giovani donne che frequentavano scuole religiose e che si è fermato per sei settimane. Quando però ha ripreso i suoi attacchi ha iniziato a differenziare il profilo demografico delle sue vittime. Elle prende una decisione che potrebbe portarla a terminare il proprio lavoro con il BAU.

Il BAU si sposta in una piccola cittadina del Texas per investigare sull'assassinio di un bambino. Ci potrebbe essere di mezzo un serial killer. Nel frattempo Elle cerca di rimettersi in salute, dal momento che le hanno sparato. Hotch inizia a preoccuparsi per lei quando vede che non si presenta ad un test psicologico obbligatorio e che non risponde al cellulare.

Un uomo rapisce tre ragazze e le tiene prigioniere in un sotterraneo. Poi dice loro che solo due sopravviveranno e che devono scegliere chi delle tre deve perdere la vita. Il team BAU si prende carico del caso quando la madre di una delle giovani rapite va a Quantico per chiedere a JJ di intercedere con l'FBI.

Il BAU va a Seattle per identificare e cercare di trovare il dinamitardo seriale che ha terrorizzato la città e che ha preso di mira alcuni centri di tecnologia automatizzata. Lavorando con l'autore di un romanzo di fantascienza che è diventato una guida per il bombarolo, il team tenta di capire il perché certi siti sono stati scelti come obiettivo.

La figlia di un importante diplomatico, l'agente speciale Emily Prentiss, si unisce al team. Come prima cosa deve convincere Gideon e Hotchner che si è merita il posto grazie alle sue capacità e non grazie alla parentela. Il BAU è chiamato a St. Louis per investigare su due serial killer che sembrano essere in competizione l'uno con l'altro. Piazzando una trappola sul profilo di un killer, il team crea un evento mediatico grazie al quale catturare il secondo killer.

Gideon, Reid e Prentiss vanno a Guantanamo Bay per interrogare il leader di una cellula terroristica dormiente che è stato arrestato quando durante un raid a casa sua è stato trovato un ordigno per diffondere un'arma chimica. In questo caso la capacità di parlare Arabo di Emily si dimostra utile. Soprattutto agli occhi di Reid.

Il BAU è chiamato ad investigare su alcuni omicidi seriali di prostitute a Washington. Il principale sospettato è un teenager. Le cose si complicano quando un membro del Congresso, che sta per fare un discorso sull'abbassamento del tasso di criminalità nella città, minaccia Hotch di togliergli il caso se si azzarda a fare una conferenza stampa per informare la cittadinanza.

Quando va a casa a Chicago a visitare la sua famiglia, Morgan viene arrestato poiché sospettato di essere un serial killer. Dal momento che il detective che ha eseguito l'arresto ha usato un profilo fornito da Gideon, il team va a Chicago per aiutare le autorità locali, trovare il vero killer e assolvere Morgan.

Questa volta Gideon affronta il più spaventoso e diabolico assassino che abbia mai incontrato in tutta la sua carriera. Quando il BAU scopre il sadico killer in una sperduta tavola calda nel deserto del Nevada le autorità locali vogliono muoversi velocemente ed eseguire l'arresto. Ma Gideon prende tempo e cerca di persuadere l'uomo, a cui ha promesso di non essere catturato, in modo da farsi rivelare il luogo dove tiene una donna in ostaggio.

In questo episodio doppio il BAU è chiamato ad investigare sull'omicidio di una coppia facoltosa. I due sono stati trovati morti in casa, subito dopo un party in occasione del Super Bowl. Il team si mette sulle tracce di quelli che ritengono essere i killer, gente che usa webcam per registrare gli assasinii e che in seguito carica le registrazioni su Internet. Hotchner, Morgan e Prentiss presto si accorgono però che il colpevole è in realtà un uomo dalla personalità multiple. Nell'avvicinarsi alla risoluzione del caso Reid deve affrontare una situazione che mette a rischio la sua vita.

La situazione diventa critica per il BAU. Trovare il killer diventa sempre più difficile poiché Reid è stato catturato e le immagini delle sue torture vengono trasmesse in diretta su Internet. Intanto attraverso dei flashback viene rivelata l'infanzia travagliata di Reid, che perde conoscenza e si sveglia continuamente a causa delle torture.

Il BAU viene coinvolto nel prevenire una possibile rivolta razziale in seguito all'assassinio di quattro giovani donne afroamericane in un quartiere in cui vive principalmente gente caucasica.

Il BAU va a Houston per investigare su di una serie di assassinii che sono avvenuti vicino ad un cantiere e a dei palazzi abbandonati. Dal momento che i crimini sembrano essere casuali, il team crede che il killer potrebbe essere un senzatetto. Intanto tutti notano un cambiamento nel comportamento di Reid.

Gideon va a New Orleans per seguire un caso in cui tre vittime sono state trovate con la gola tagliata. Si crede che il serial killer dietro questi omicidi stia imitando le gesta di Jack lo squartatore. La scoperta di un quarto cadavere nel quartiere francese, fino ad allora ritenuto invece vittima dell'uragano Katrina, conferma che l'assassino è ancora vivo. Tutte le prove e i documenti del caso sono andati persi con il disastro naturale perciò l'unico indizio in possesso del team è la parola 'Jones' che il detective capo aveva scritto sul muro prima di annegare. Nel frattempo Reid si incontra con un vecchio rivale e continua a combattere con le conseguenze delle torture e della prigionia.

Il BAU indaga su di un piromane seriale che incendia le case di famiglie benestanti durante la notte, mentre la gente ci dorme dentro. Si scopre che le vittime degli incendi sono tra loro collegate: tutti hanno a che fare con alcune aziende che sono accusate di costruire in zone contaminate.

Elizabeth Prentiss, mamma di Emily Prentiss e moglie di un importante diplomatico, chiede aiuto al BAU per salvare un immigrato russo che è stato rapito e per il cui rilascio è stato chiesto un riscatto.

Il BAU è chiamato ad investigare sui corpi di persone scomparse ritrovati in una remota e selvaggia regione dell'Idaho. Il raccapricciante ritrovamento porta il team a scoprire anche che le vittime sono state assassinate per sport.

Quando alcuni senzatetto iniziano a sparire misteriosamente dalle strade di Kansas City, un detective del luogo chiama il BAU per farsi aiutare nell'investigazione.