J.D. trasloca momentaneamente in un hotel, dato che il suo appartamento è stato sfondato da una vasca da bagno nella scorsa stagione. Turk però non accetta che il suo amico viva in un albergo e per questo J.D. va a casa sua e di Carla a dormire di nascosto.

J.D. scopre, grazie all'Inserviente, che nessuno ride alle sue battute tranne i suoi specializzandi, ma solo per compiacerlo e non per reale simpatia; intanto Elliot cerca di ambientarsi nel nuovo ospedale.

Mancano 3 giorni al 30esimo compleanno di J.D. e lui si ricorda di una lista fatta quando andava al college, che consiste in una serie di cose da fare prima dei 30 anni. Nessuna di queste però è stata ancora compiuta.

Kelso sceglie J.D. come colui che lo dovrà presentare durante la cerimonia per la consegna di un premio. J.D. deve quindi trovare alcuni aspetti positivi del dr. Kelso da poter dire nel suo discorso.

Al Sacro Cuore arriva Paige, la sorella di Cox. Si nota subito in lei una grande fede verso il Cristianesimo, cosa che fa innervosire il fratello. Intanto Jordan è riuscita a convincere Cox a battezzare il loro figlio.

Carla, come ogni anno, cerca di convincere i medici a fare una foto che ritragga tutto lo staff del Sacro Cuore, anche se non ci è mai riuscita. Tutti infatti trovano sempre delle scuse per non presentarsi all'appuntamento.

J.D. ha un giorno libero che inizialmente passa nella vasca da bagno. Viene più tardi chiamato da Keith per un'emergenza e arriva in ospedale, dove scopre che la chiamata non è altro che uno scherzo del Dr. Cox.

J.D., Carla, Elliot e Turk vengono chiamati da Kelso e Cox per un'udienza della cassazione dell'ospedale per la morte del signor Foster, un paziente dell'ospedale morto per cause sconosciute. Ogni personaggio ricorda quindi il tempo passato con il paziente.

Grazie ad una vecchia paziente, la signora Wilk, J.D. conosce Julie, una ragazza sbadata e affascinante. I due si innamorano subito e si fidanzano. Per cercare di far funzionare questa storia, Elliot dà tantissimi consigli a J.D..

La relazione tra J.D. e Julie comincia a diventare instabile per un motivo: Julie non ride mai. Turk ed Elliot aiutano J.D. a non perdere Julie per motivi stupidi e lo incoraggiano a presentare Julie alle persone care.

J.D. è ancora un po' triste per via della relazione finita con Julie e gli amici gli consigliano di trovarsi un trastullo, ovvero una fidanzata momentanea con cui stare. J.D. però non vuole utilizzare questo espediente.

Il Dr. Kelso è furente quando scopre che un uccello ha costruito il suo nido proprio all'interno dell'ospedale, e chiede all'Inserviente di liberarsene immediatamente. Nel frattempo JD cerca di far licenziare Keith perché è geloso della sua relazione con Elliot.

J.D. e il Dr. Cox si conoscono meglio a vicenda passando insieme tra i cinque stadi di dolore insieme alla loro paziente preferita. Nel frattempo Carla costringe Turk a partecipare ad una serie di appuntamenti doppi.

J.D. è stanco di Keith e anche il resto dello staff inizia a spazientirsi quando scopre della sua relazione con Elliot. Nel frattempo il Dr. Cox viene nominato il "miglior dottore della città" all'interno di una rivista.

Turk e Carla non riescono proprio ad avere un bambino e credono che la causa risieda nell'eccessivo stress accumulato nel posto di lavoro. Decidono allora di cambiare radicalmente le loro abitudini di vita per avere più possibilità di concepire un bambino.

Turk scopre per sbaglio che Carla è incinta. Per farle una sorpresa racconta tutto agli amici in ospedale, ma quando Carla gli rivela che vorrebbe essere la prima a scoprirlo deve rivedere i suoi piani, fermando il gossip che si sta spargendo in ospedale.

Jordan costringe il Dr. Cox ad andare con lei ad un appuntamento doppio con Elliott e Keith. Nel frattempo il Dr. Kelso, affranto dalla morte del suo cane, chiede a Carla di coprire per lui e lasciare inevase tutte le richieste dell'ospedale.

Il fratello di JD torna a far visita e Elliot scopre che questi crede che lei e JD siano ancora insieme. Quando Dan scopre la verità decide di vendicarsi sul fratello alleandosi con l'Inserviente e organizzandogli uno scherzo.

J.D. aiuta Turk e Carla a trasformare la sua vecchia cameretta nella stanza per la bambina in arrivo. Nel frattempo Elliot è stufa degli errori fatti dai nuovi arrivati e decide di usare le maniere forti per farli maturare una volta per tutte.

Elliot e Carla scoprono che le tante conquiste amorose di Todd sono solo frutto della sua fantasia, e si chiedono quali altri segreti stia nascondendo. Turk però le avverte di non immischiarsi troppo nella vita del chirurgo.

Il Dr. Cox prende delle decisioni sbagliate che portano alla morte di tre pazienti dell'ospedale. Dopo questo tragico evento si chiude in casa per giorni e riprende a bere. JD cerca allora in tutti i modi di fargli riprendere il suo lavoro di dottore.

Dopo il suo ritorno al lavoro il Dr. Cox trova difficile indicare le cure ai pazienti per paura di fare di nuovo qualche errore. Nel frattempo Carla è furiosa con Turk per i limiti che lui le ha imposto nel periodo di gravidanza.

J.D. consulta un'urologa per aiutare un paziente in difficoltà. Elliot considera la possibilità di rompere la sua relazione con Keith quando vede che non ha carattere e si fa sempre mettere i piedi in testa dal Dr. Cox.

J.D. si prepara per una serata perfetta in compagnia della sua nuova fiamma, l'urologa dell'ospedale. Nel frattempo tutto lo staff dell'ospedale discute sul nome che Carla e Turk dovrebbero dare al nuovo bambino.