J.D., Turk, Cox, Kelso e Denise ritornano al Sacred Heart per insegnare medicina ai nuovi arrivati, mentre le nuove reclute Lucy, Drew, Cole e Maya devono affrontare il loro primo giorno all'ospedale e il duro impatto che lo accompagna.

Lucy riceve un'altra lezione riguardo alla vita da dottoressa. Nel frattempo J.D. e Turk intravedono una possibile relazione amorosa tra Denise e uno dei nuovi studenti di medicina; decidono allora di passare ai fatti giocando a formare le varie coppie insieme al Dr. Kelso.

J.D. cerca in tutti i modi di ostacolare la vita in ospedale a Drew perché è geloso del trattamento di favore che riceve dal Dr. Cox. Lucy intanto è alla ricerca di un mentore per affrontare la vita ospedaliera e lo trova in Denise, che però non sembra apprezzare le attenzioni della ragazza.

Denise cerca di insegnare il lavoro di squadra ai nuovi dottori. Questi però non sono abituati a lavorare insieme e per questo chiedono aiuto a Chris e JD. Nel frattempo per Ted è giunto il momento dei saluti e per l'occasione il dottor Kelso organizza per lui una piccola festa.

Le lezioni in ospedale sono quasi terminate e gli studenti di medicina devono affrontare gli esami che, se superati, permetteranno loro di diventare dottori a tutti gli effetti. Anche il lavoro di JD come insegnante sta quindi per finire, anche se prima di lasciare vuole essere sicuro di rientrare nella top list degli insegnanti della scuola.

Turk cerca in tutti i modi di trovare un altro migliore amico per rimpiazzare l'assenza di JD dall'ospedale. Nel frattempo Lucy si rivolge ad Elliot per imparare qualche trucco del mestiere, mentre Cole scopre di poter essere bocciato agli esami di medicina.

Prima di ricevere il camice bianco, gli studenti di medicina dell’Università Winston sono messi di fronte ad un bivio per scoprire le motivazioni che si nascondono dietro la scelta di diventare dottori. Nel frattempo Denise riceve da Elliot qualche consiglio su come vestirsi.

Lucy cerca di capire se continuare o meno a frequentare Cole, e per farlo decide di prendere esempio da tutte le coppie, innamorate o meno, che trova in ospedale. Nel frattempo Turk ingaggia una battaglia con il dr. Cox per determinare il migliore tra i due.

Per JD ed Elliot la prospettiva di avere un bambino si fa sempre più reale e tangibile e la paura sfocia in strambi comportamenti da parte di entrambi; Lucy dopo un periodo di fisiologico assestamento si ritrova a dover fare i conti con la sua paura di affrontare pazienti e malattie reali.

È il momento degli esami per i futuri dottori, ma durante le prove il dottor Cox scopre che qualcuno del gruppo aveva intenzione di copiare le risposte del test e decide quindi di chiudere i sospettati nell'aula magna fino a quando il colpevole non si assumerà le proprie responsabilità.

Lucy deve sostituire Drew nel ruolo di leader della squadra di studio ma prende il lavoro troppo sul serio rendendo un inferno la settimana di tutti. Il dottor Turk si sente minacciato all'arrivo di un chirurgo di fama internazionale che inizia a prendersi cura dei suoi pazienti.

Al dottor Kelso viene revocata la patente e per questo inizia a temere per la propria indipendenza. Anche Cole è spaventato dopo che gli è stato diagnosticato un tumore alla pelle. Nel frattempo Denise e il dottor Cox cercano di accaparrarsi l'attenzione di Drew.