Lincoln riesce a sopravvivere all'incidente ma sopraggiunge immediatamente Kellerman che tenta di soffocarlo. All'improvviso compare però un uomo misterioso che attacca l'agente dei Servizi Segreti e porta Lincoln con sè. A Fox River ritorna a sorpresa John Abruzzi, ripresosi dopo la grave ferita procurategli da T-Bag.