Donald Self rintraccia il possessore di un'altra card, che però tiene nascosta Scylla in una cassaforte all'interno di un ufficio in un edificio federale di massima sicurezza. Mahone nel frattempo prosegue la sua ricerca di vendetta, tentando di rintracciare Wyatt. T-Bag inizia a incontrare gli aspetti negativi della sua nuova vita.