La squadra di Jack, con l'aiuto del nuovo arrivo Martin Fitzgerald, si deve occupare della scomparsa di una donna che lavorava nel settore del marketing e che sembra semplicemente essersene andata via lasciando tutto alle spalle.

In occasione del suo undicesimo compleanno, Gabe Freedman va allo stadio per vedere una partita di baseball degli Yankees con suo padre. I due però si perdono di vista in metropolitana e, quando il padre realizza che suo figlio è scomparso chiama l'unità di Jack.

Quattro diversi testimoni affermano di aver assistito al rapimento di una donna in un parcheggio, avvenuto proprio a pochi metri dal marito che al momento era di spalle. Dopo le prime indagini, il team inizia a sospettare che il marito possa avere qualcosa a che fare con il rapimento.

Jack e i suoi colleghi indagano sulla scomparsa di una giovane modella di 19 anni. La ragazza è scomparsa improvvisamente lasciando sul letto del suo appartamento una valigia riempita a metà, come se la stesse preparando.

Il diciassettenne Andy Deaver scompare dal campus estivo di un collegio. I sospetti principali si concentrano attorno alla figura del preside, che è stata anche l'ultima persona a vedere il ragazzo prima che scomparisse.

Il team si mette al lavoro per risolvere il caso della scomparsa del vicepresidente di una società di investement banking. Si perdono le sue traccia all'aeroporto di San Diego dove l'uomo ha lasciato le sue due valige vuote nel retro dell'edificio.

La figlia di due anni di una vecchia amica di Jack, l'Assistente Procuratore Distrettuale Angela Buckman, sparisce nel nulla mentre si trova al parco. Le indagini sono molto difficili poiché non si riesce a ricostruire cosa sia successo nei momenti precedenti alla scomparsa.

Jack e la sua squadra sono alla ricerca di un adolescente, William Hope, di cui si perdono le tracce dopo che egli è stato protagonista di una lite con un bullo nel suo quartiere malfamato. William era considerato un bravo ragazzo e viveva ora in condizioni migliori rispetto al passato.

Un medico la cui famiglia proviene dall'Arabia Saudita scompare misteriosamente. Durante le indagini, Martin arriva fin troppo presto a pensare che si tratti in realtà di un terrorista, vittima degli stereotipi.

Quando un uomo esce di casa di mattina presto con la figlia per accompagnarla a scuola e, successivamente, andare ad aprire il suo negozio, nessuno dei due arriva mai a destinazione. Sulla scomparsa indagano Jack e i suoi uomini.

Annie Miller è una ragazza scomparsa lungo il tragitto per raggiungere la sua scuola. Le indagini portano a diversi sospetti: dal sindaco della cittadina, al suo padrino, non escludendo anche un giovane che lavora per il padre della sua migliore amica.

Jack e i suoi si mettono sulle tracce di una donna incinta di nome Kathy Dobson. La sua scomparsa avviene poco dopo che i medici dell'ospedale le dicono che sono sorte alcune complicazioni per quanto riguarda la sua gravidanza.

Chet Collins è un uomo che non ha perso le speranze di trovare suo figlio, scomparso quattro anni prima durante una gita in un campeggio. Jack non ha mai dimenticato questo caso a cui deve tornare a lavorare quando anche Chet scompare.

Il team di Jack è alle prese con le indagini sulla scomparsa di una hostess che potrebbe aver avuto una relazione con uno dei piloti. La pista seguita consente loro di ritrovare la macchina della donna che però è ricoperta di sangue.

Una sposa sparisce proprio durante il suo matrimonio facendo subito pensare ad un rapimento. Il team di Jack si concentra sul rapporto tra i due novelli sposi che avevano convissuto per un certo periodo prima di convolare a nozze.

Una ragazza sparisce da una clinica psichiatrica e sembra possa essere scappata con uno dei componenti dello staff. Le indagini portano però alla luce un episodio del suo passato che potrebbe essere la chiave per spiegare la sua scomparsa.

Jack e i suoi uomini sono alla ricerca di un ufficiale dell'esercito degli Stati Uniti in pensione. Egli è scomparso dopo una cena che era stata organizzata in suo onore dai i suoi ex-compagni soldati del Vietnam.

Delia, una reporter, scompare mentre si trova nel bel mezzo di un'inchiesta giornalistica su un proprietario di un night club che è sospettato di essere un trafficante di droga. Si scopre anche che la giornalista stava indagando su un condannato a morte che pensava fosse innocente.

Jack e i suoi sono alla ricerca di un insegnate di scuola superiore che è scomparso dopo aver tenuto una lezione serale nel bronx. Approfondite le ricerche, si scopre che l'insegnate aveva una relazione con uno dei suoi studenti.

Le indagini sulla scomparsa di un pugile si rivelano molto più complicate di quanto sembrassero: col passare del tempo, infatti, emergono sempre più misteri. Dante Jones scompare poco prima di un incontro che lo avrebbe reso un contendente per il titolo. Vivian, inoltre, è una sua fan.

I metodi utilizzati da Jack nel condurre le indagini su un molestatore di bambini potrebbero far rigettare il caso dal tribunale. Inoltre, viene avviata un'indagine sulla sua squadra investigativa, anche se l'obiettivo specifico sembra essere un altro.

Dopo lo shock dell'11 settembre, un uomo di nome Barry ha perso la moglie e il suo lavoro. Da allora, non può fare a meno di incolpare il suo vecchio boss che decide di rapire per chiedere un riscatto. Lo scambio di denaro si deve fare in una libreria, ma non tutto va secondo i piani.