La squadra Cobra torna all'attacco e lo fa in grande stile: la base navale della squadra G.I. Joe viene attaccata, le trasmissioni via satellite vengono messe fuori uso e il Comandante Cobra lancia un ultimatum alle Nazioni Unite, provocando la distruzione di Mosca per confermare che la squadra Cobra fa sul serio.

Storm Shadow lascia un messaggio a Snake Eyes invitandolo a presentarsi su un'isola. Il ninja della squadra G.I. Joe arriva sul posto e inizia a farsi strada tra le linee nemiche, sotto lo sguardo attento del ninja della squadra Cobra.

La squadra G.I. Joe cerca di fare il punto della situazione e scopre il metodo utilizzato dalla squadra Cobra per distruggere Mosca. I militari iniziano poi a preparare un a strategia di difesa per salvare la Terra dall'attacco dei Cobra.

Il Comandante Cobra sente che il momento della svolta è vicino e incita le sue truppe. Nel frattempo la squadra G.I. Joe cerca un modo per ripristinare le comunicazioni, mentre la Baronessa e Destro tengono in ostaggio un gruppo di scienziati.

Snake Eyes cammina nell'isola giapponese e ricorda quando, da ragazzo, nello stesso luogo imparava l'arte ninja insieme al suo amico Storm Shadow. Scopriamo quindi come Snake è diventato muto e come è nata la sua rivalità con Storm.

Duke e Scarlett si lanciano da un aereo e arrivano alla base missilistica in Siberia. I due agenti si fanno strada tra le difese della base e vi entrano, scoprendo che i missili non sono mai stati smantellati.

La squadra G.I. Joe cerca di sabotare le comunicazioni via satellite della squadra Cobra. Nel frattempo, il team di Roadblock fa irruzione nel centro di ricerca in cui la Baronessa e Destro stanno tenendo in ostaggio una decina di scienziati.

Arriva il momento dello scontro finale tra Storm Shadow e Snake Eyes. Un duello senza esclusione di colpi, prima con l'aiuto delle spade e poi a mani nude. Chi riuscirà a sconfiggere il proprio rivale?

Duke e Scarlett proseguono la loro missione alla base missilistica. Tolte di mezzo tutte le guardie, i due si rendono conto che l'unico modo di disinnescare gli ordigni è far detonare l'intera base. Ma Duke è ferito in modo grave: riuscirà ad allontanarsi in tempo dalla base?

Le missioni della squadra G.I. Joe sono un successo: la squadra di Roadblock riesce a catturare Destro e la Baronessa salvando gli scienziati mentre un paracadutista riesce a distruggere i satelliti della squadra Cobra. Ora il team si appresta a sferrare il colpo finale ai rivali.