A New York, il provino per diventare la protagonista del musical di Funny Girl non va come sperato, e Rachel cerca di convincere il regista e l'attore protagonista in un altro modo. Intanto, al McKingley High, nuovi sviluppi nella relazione tra Kurt e Blaine convince quest'ultimo ad organizzare una proposta di matrimonio con i fiocchi, mentre Kitty e Artie si frequentano in segreto. Il tutto sotto lo sguardo di Sue Sylvester, nuova preside.

Mentre Sam si rifiuta di farsi il vaccino obbligatorio istituito dalla nuova preside Sue, Tina comincia la sua campagna per diventare regina del ballo. Nel frattempo, Santana ottiene una parte in una pubblicità e Rachel si demoralizza ancora di più per non aver avuto più notizie dal regista del musical di Funny Girl, mentre una nuova ragazza tra i Cheerios, Bree, mette il bastone tra le ruote del Glee club.

Il passato e il presente del McKinley High, il Glee Club e tutte le persone che lo conoscevano ricordano e celebrano la vita di Finn Hudson.

Il compito di questa settimana è dividere in gruppo in due filoni, due tipi di artisti: quelli che si sentono più Gaga e quelli che si sentono più vicini a Katy Perry, il tutto mentre Bree e Sue continuano a mettere i bastoni tra le ruote al Glee Club. Nel frattempo, Sam cerca di convincere Penny ad uscire, mentre Kurt tenta di mettere insieme una band.

Mentre Bree decide di tirare fuori gli artigli e smascherare il tradimento di Jake, il Glee Club affronta i pareri discordi di Sue sul far diventare il "twerking" parte della loro performance per le gare nazionali. Nel frattempo, a New York Rachel partecipa alle prime prove per Funny Girl e convince Kurt a fare una pazzia.

Sam e Blaine si recano a New York a sondare il terreno per un eventuale futuro nella Grande Mela: il primo non sa se NYADA sia l'unica opzione per lui, mentre il secondo decide che il college non è la scelta giusta e vorrebbe sfondare come modello. Nel frattempo a Lima, Artie si preoccupa per il futuro di Becky, mentre Ryder chiede a Marley di uscire.

Mentre Sue riceve la commissione che deve decidere se mantenerla preside, il Glee Club è incaricato di fare un brainstorming di idee per le Nazionali e quando Blaine prende il comando e suggerisce brani che mettono in risalto le sue qualità, quest'ultimo comincia a pensare di essere come un burattinaio. A New York, nel frattempo, Kurt riesce ad aggiudicarsi un posto in un locale per la prima esibizione del suo gruppo, i Pamela Lansbury.

Nel Natale del 2012, al McKingley High Tina diventa ossessionata dal concorso sulla decorazione dell'albero di Natale e sul premio in palio mentre il Glee Club compete per chi debba partecipare alla ricostruzione della Natività. Nel frattempo, Santana arriva a New York a casa di Kurt e Rachel e decide di aiutarli travestendosi da elfi in un centro commerciale.

La latente rivalità tra Santana e Rachel torna a riaccendersi quando l'ex cheerleader pugnala la coinquilina alle spalle con la cosa a cui tiene di più: il revival di Funny Girl a Broadway, di cui è protagonista. Nel frattempo, a Lima, Sue alimenta la competizione tra Artie e Tina per decidere chi sarà lo studente a pronunciare il discorso di commiato alla consegna dei diplomi.

Mentre a New York la faida tra Santana e Rachel continua, e quest'ultima si trova costretta a condividere l'appartamento con Elliot, a Lima Tina si rende conto che quelli che stanno passando in fretta saranno gli ultimi momenti che passerà insieme a Sam e Blaine al McKingley High. Nel frattempo, Emma e Will stanno disperatamente cercando di concepire un bambino.

Il destino del Glee Club del McKinley High dipenderà dal risultato delle gare nazionali che il gruppo sta per affrontare a Los Angels. Prima dell'evento che cambierà tutto, Will decreta Sam l'erede di Finn, mentre Marley confessa a Ryder di voler abbandonare il club subito dopo la serata.

Dopo aver saputo della fine del Glee Club dovuta alla mancanza di fondi e per celebrare la centesima lezione del professor Schuester, Rachel, Kurt, Mercedes e tutti gli ex membri del gruppo si presentano a McKinley High per i dovuti saluti. L'occasione permette a Brittany e Santana di riallacciare rapporti, così come a Quinn di sfoggiare il suo nuovo e ricco ragazzo, Biff McIntosh.

Mentre Holly ed April cercano disperatamente di salvare il Glee Club, Rachel offre a Santana un ramoscello d'ulivo nella speranza di sotterrare l'ascia, ma la sua sostituta a Broadway continua a respingerla. Nel frattempo, Tina si preoccupa perché sarà l'unica ad andare a New York senza un piano per il futuro, mentre il gruppo fa un ultimo regalo a Will.

L'appartamento di Kurt e Rachel è più popolato del previsto, ora che sia Kurt che Sam vivono insieme a loro. Nel frattempo, Artie tenta di giostrare le sue limitazioni fisiche in una città frenetica e spigolosa come New York, mentre Mercedes decide di unirsi a loro e lasciare Los Angeles.

Mentre la convivenza tra Mercedes e Sam porta all'inevitabile conversazione sulla loro fallita relazione, Rachel prende una drastica decisione quando si accorge che la vita al college interferisce con il suo sogno a Broadway. Nel frattempo, Kurt viene particolarmente colpito da un recente episodio di violenza omofoba per le strade di New York.

Artie scopre di essere affetto da una malattia venerea, proprio quando trova il coraggio di chiedere un appuntamento a Julie, la ragazza che segretamente adora. Nel frattempo, Blaine e Kurt si allontanano quando quest'ultimo comincia ad essere più in forma dell'altro, mentre Mercedes decide di aspettare il matrimonio per avere rapporti sessuali ma Sam fatica ad accettarlo.

E' finalmente arrivata la serata della prima di Funny Girl,e Kurt costringe Rachel a trascorrere i giorni precedenti senza nessun contatto con il mondo esterno, per evitare recensioni negative dalle anteprime dello spettacolo. Quando questo metodo anti-stress non funziona, il coinquilino decide di reclutare l'estremo rimedio: Santana. Nel frattempo, Sue approda a New York dopo una sezione della sua rubrica televisiva dedicata alla città.

Mentre Mercedes cerca di convincere l'etichetta discografica per cui lavora ad assumere Santana per un duetto, a Rachel viene fatta una proposta da Fox per una serie tv ma purtroppo la giornata del provino a Los Angeles coincide con uno spettaclo a Broadway. Nel frattempo, Blaine ha improvvisamente la possibilità di diventare famoso grazie ad un esponente dell'alta società newyorkese, June Dolloway, ma a quale prezzo?

Rachel cerca di arginare il danno alla sua immagine prendendo a cuore una causa di beneficienza, e Santana scopre un talento innato nel diventare involontariamente sua addetta alle relazioni stampa. Nel frattempo, Kurt viene a sapere che una casa di riposo ha organizzato un musical su Peter Pan e quando il protagonista principale muore sulla scena l'organizzatrice, Maggie Banks, decide di dargli un'opportunità.