Dopo il fallimento della sua serie, cancellata dopo un solo episodio, Rachel torna a Lima ma l'accoglienza non è delle migliori: i genitori stanno per divorziare, la casa è in vendita, Kurt e Blaine si sono lasciati e Sue ha instaurato un regime del terrore al McKinley. L'ex principessa di Broadway si reca quindi da Will, ormai coach dei Vocal Adrenaline, il quale la spinge a voler riorganizzare il Glee Club nella sua vecchia scuola.

Rachel e suoi ex compagni cercano di convincere gli attuali studenti ad iscriversi al Glee Club, mentre i Warblers e Blaine attraversano una crisi quando una tradizione centenaria rischia di rompersi con l'introduzione nel gruppo di una ragazza, Jane. Nel frattempo il reclutamento non dà frutti, ma la svolta è dietro l'angolo con un paio di assi nella manicha di Santana e con la scoperta di un nuovo arrivato da Chicaco, Roderick.

Ormai a capo del nuovo Glee Club, Kurt e Rachel annunciano che il compito della settimana è unire i generi musicali di Alanis Morrisette e Carole King, ma i due leader non sono sempre sulla stessa pagina. Nel frattempo Sam capisce che qualcosa non va con Beiste quando quest'ultima continua a prendersi giorni di assenza lasciandogli in mano la squadra, mentre la relazione tra Brittany e Santana prende una nuova piega.

Nonostante le buone intenzioni di Will, Sue prova ancora rancore e odio verso il suo ex collega ed il Glee Club, un sentimento che confessa a Becky mostrandole un luogo segreto in cui sfogare le sue frustrazioni. Nel frattempo la preside sorprende Rachel con un improvviso piano per sabotare il suo club mettendolo in competizione con I Vocal Adrenaline e i Warblers, mentre Kurt incontra Walter e scopre che gli anni di differenza tra di loro.

La competizione tra i tre club è ancora accesa, ed al gruppo McKinley High viene concesso di trovare nuovi membri in tempo per il loro momento sul palco, ed il primo pensiero cade su Kitty. Nel frattempo Sue continua nel suo piano diabolico per far riunire Kurt e Blaine con un trucco semplice ma efficace, mentre Sam continua a confondere Rachel.

Mentre i suoi genitori le danno una notizia sconvolgente che spiega il suo genio matematico, Brittany è occupata con i preparativi per l'imminente matrimonio con Santana, chiedendo aiuto ad Artie per organizzare la ceremonia. Nel frattempo, Sam e Rachel continuano a girarsi intorno comportandosi in modo strano, sopratutto dopo l'arrivo in città di Mercedes, la quale convince l'ex star di Broadway a tornare a New York per un provino.

Rachel va in crisi quando nota che la casa in cui è cresciuta è stata ufficialmente venduta, e Kurt chiede aiuto ai loro ex compagni per aiutarla nel periodo di transizione. Lo stesso accade per Beiste, che ha completato la sua trasformazione e che adesso si fa chiamare Sheldon, ma nonostante l'accoglienza e la comprensione di Sue, lo stesso non si può dire per i membri dei Vocal Adrenaline. Nel frattempo Dave capisce che forse è il momento di lasciare andare Blaine.

E' arrivato il fatidico giorno del matrimonio di Santana e Brittany, e i mentre i preparativi fervono l'occasione porta Blaine e Kurt a capire finalmente di essere fatti l'uno per l'altro. Nel frattempo, Sue confessa di essere offesa dal fatto di non aver ricevuto un invito alla cerimonia, e per rimediare decide di fare un grosso regalo ad una delle spose.

Sue si è autocandidata per il premio di Preside dell'Anno, ma per completare la sottoscrizione ha bisogno di una lettera di raccomandazione firmata dal sovrintendente Harris, il quale però chiede di ricambiare il favore obbligando il Glee Club ad esibirsi al Bar Mitzvah del nipote. Nel frattempo Mason cerca di avvicinarsi a Jane nonostante la presenza costante della sorella gemella, mentre Spencer e Roderick si scontrano.

L'accademia Dalton viene rasa al suolo da un incendio, e Will acconsente ad un unione temporanea tra il Glee Club ed i Warblers. Nel frattempo il sovrintendente Harris scopre il magazzino di Sue ed i suoi agghiaccianti contenuti, licenziandola immediatamente come preside del McKingley High. Intanto Rachel affronta un incontro con la temibile Carmen Tibideaux per cercare di guadagnare una seconda possibilità al NYADA.

Sue, ormai a capo dei Vocal Adrenaline, sferra gli ultimi attacchi mirati verso il Glee Club per assicurarsi la vittoria all'indomani della gara. Nel frattempo Rachel deve decidere se accettare un'allettante proposta di lavoro o tornare al NYADA, mentre Spencer rimane vittima di un infortunio e rischia di saltare l'esibizione.

Un tuffo nel passato del McKingley High mostra come i membri che hanno aiutato a riportare in vita il Glee Club si siano incontrati: la motivata ed ambiziosa Rachel, Finn, il ragazzo più popolare della scuola, Mercedes, star del coro della sua chiesa, Kurt, introverso e timido che viene spronato dal padre, e Tina ed Artie, un'amicizia nata dall'emarginazione.