Un nuovo anno scolastico sta per iniziare. Dopo la sconfitta alle Regionali, i ragazzi del Glee Club sono tornati ad essere gli "sfigati" della McKinley High. Will Schuester inoltre deve far fronte a ulteriori tagli del budget e cerca di reclutare nuovi ragazzi per il club, tema sul quale Rachel e Finn si trovano in disaccordo.

Carl, il dentista che sta frequentando Emma, fa visita ai ragazzi del Glee Club per controllare la loro igiene dentale. Alcuni dei ragazzi, tra cui Brittany e Santana vengono sottoposte ad anestesie durante le quali hanno allucinazioni che coinvolgono Britney Spears e le sue canzoni.

Finn entra in una crisi esistenziale quando pensa di aver visto la faccia di Gesù nel panino al formaggio grigliato che sta mangiando. Nel frattempo anche Kurt ha una crisi e tutti gli altri ragazzi vengono coinvolti in una discussione più ampia sulla teologia.

Il compito assegnato ai ragazzi del Glee Club per la settimana è quello di preparare un duetto. Rachel e Finn pensano anche di organizzare una gara, per far sì che possa vincerla Sam. Nel frattempo, si sviluppa un triangolo amoroso tra Tina, Artie e Mike.

Will, preso da un impulso di gelosia nei confronti del nuovo fidanzato di Emma, decide di far mettere in scena ai ragazzi del Glee Club il Rocky Horror Show. Anche Sue incoraggia la realizzazione dello spettacolo, ma per ragioni sicuramente diverse.

Dopo che Finn e Sam trovano un modo poco convenzionale di controllare i loro istinti, alcuni altri membri del Glee Club decidono di imitarli e usare lo stesso metodo. Le cose però peggiorano quando la coach Beastie scopre tutto quanto.

Will Schuester è malato e per sostituirlo viene chiamata una supplente che lo sostituirà sia nelle lezioni di spagnolo, sia alla guida del Glee Club, dove finisce per conquistare tutti i ragazzi. Nel frattempo, Sue Sylvester cerca di mettere in mostra tutta la sua forza all'interno del campus della scuola per raggiungere i suoi scopi.

La madre di Sue torna a far visita alla figlia dopo molti anni, causando qualche problema. Nel frattempo, Burt e Carol annunciano di volersi sposare, mentre la situazione tra Kurt e Karofsky inizia a complicarsi e a sfuggire di mano.

Il Mckinley High compete contro la nuova scuola di Kurt, la Dalton Academy, per arrivare alle regionali. Santana svela il segreto che Finn teneva nascosto a Rachel minando la loro relazione. Emma rende ufficiale il proprio rapporto con Carl.

Sue rovina il Natale del gruppo diventando il Grinch; Brittany crede ancora in Babbo Natale e gli chiede che Arty possa tornare a camminare. Rachel tenta di recuperare il rapporto con Finn e Mr. Schuester, grazie alla compagnia dei ragazzi, non passerà il Natale da solo.

Sue cerca nuovi escamotage per l'esibizione dei Cheerios, a costo di mettere in pericolo la vita di Brittany. Coach Beiste e mr. Shue cercano di appianare le divergenze tra la squadra di football e il Glee club proponendo un show durante l'intervallo del finale di stagione.

Puck confessa i propri sentimenti a Lauren e fa di tutto per conquistarla. Finn e Quinn si rendono conto che c'è ancora qualcosa tra di loro ma Santana, contagiandoli con la mononucleosi, svela i loro sotterfugi. Blaine riceve un rifiuto da un ragazzo ma questo episodio permette in qualche modo a Kurt di dichiararsi.

Sam forma un gruppo in onore di Justin Bieber per far colpo sulle ragazze e ingelosire Quinn. Sue cade in depressione dopo la prima sconfitta dei Cheerios e Will, su consiglio di Emma, decide di farla partecipare alle prove del Glee Club, dove lei spera di gettare scompiglio. Brittany aiuta Rachel ad acquisire popolarità.

Il preside Figgins cerca di far capire al corpo studentesco che bere sotto l'età consentita è sbagliato, ma i membri del Glee Club, dopo un party a casa di Rachel, si ubriacano tutti, con conseguenze che faranno dubitare Blaine della sua sessualità. Anche Will si ubriaca in una serata fuori e inavvertitamente chiama Sue invece di chiamare Emma.

Holly Holiday torna per tenere delle lezioni sul sesso e Will ne approfitta per rimediare alla disinformazione dei ragazzi del Glee Club. Il padre di Kurt cerca di far capire al figlio cosa rappresenti il sesso ed Holly aiuta Santana ad interpretare i suoi sentimenti. Emma ammette di provare ancora qualcosa per Will.

La McKinley High approda alle selezioni regionali con due canzoni originali. Kurt e Blaine si avvicinano sempre di più preparando un duetto per la loro esibizione e Sue Sylvester cerca di arruffianarsi i giudici con una canzone su Gesù. Intanto Rachel trova ispirazione dal dolore che le procura la notizia di Quinn e Finn di nuovo insieme.

Brittany, Mike, Tina e Artie sono in finale nella competizione accademica annuale, e Holly Holiday propone una serata di beneficenza per raggiungere la cifra necessaria per il viaggio a Detroit. Durante la serata Mercedes ne approfitta per tirare fuori la diva che è in lei e Sue ingaggia i "nemici" di Will per cercare di sconfiggerlo.

Mr. Shue cerca di insegnare al Glee Club ad accettarsi per come si è, assegnando loro la canzone Born This Way. Intanto, Quinn e Lauren competono per la candidatura a Regina del ballo, Kurt torna al McKinley, Santana e Karosfky complottano per diventare Re e Regina ed Emma fa un primo passo verso una cura per la sua malattia.

Sue - con l'aiuto di Terri - cerca di distruggere il Glee Club con una serie di falsi pettegolezzi fatti girare su un giornale scolastico, pettegolezzi che porteranno alla luce un segreto sulla vita di Sam. Intanto April Rhodes torna in città proponendo a Will di seguirla ed aiutarla per il suo spettacolo a Broadway.

Mentre Jesse cerca di riconquistare Rachel dopo averla umiliata ed abbandonata, il ballo studentesco si avvicina e il Glee Club è incaricato di esibirsi durante la serata, che si concluderà con inaspettate sorprese per Kurt e Quinn.

Mentre il Glee Club aiuta Sue ad affrontare un grave lutto - che cambierà drasticamente il suo atteggiamento -, Jesse St. James decide di aiutare Will a trovare fondi per il viaggio a New York, proponendogli la strategia del suo gruppo, i Vocal Adrenaline. In tutto questo, Finn si rende conto dei suoi veri sentimenti per Rachel.