La scuola è iniziata sia a New York sia per i ragazzi rimasti al McHinley High, impegnati ad eleggere la "nuova Rachel" tra i senior e i nuovi arrivati. Intanto, la "vecchia" Rachel si trova alle prese con la nostalgia di casa e un'arrogante insegnante, Cassandra July, mentre Kurt si appresta - suo malgrado - a frequentare il Community College.

Brittany viene esclusa dai Cheerios per colpa del suo rendimento scolastico mentre Rachel chiede aiuto a Brody per integrarsi nella classe di Cassandra July. Intanto Puck convince suo fratello Jake ad unirsi al Glee Club, grazie al quale stringe amicizia con Marley.

Mentre Kurt ottiene un lavoro come stagista a Vogue.com con Isabelle Wright, Blaine e Sam uniscono le forze per sconfiggere Artie e Brittany nella corsa per diventare presidente scolastico. Intanto Brody continua a flirtare con Rachel e Will teme di non avere più idee per il Glee Club.

La distanza è un ostacolo per tutte le relazioni, sopratutto quando ci va di mezzo una terza persona. Dopo Finn, anche Blaine si presenta a casa di Kurt e Rachel ma le cose non vanno come speravano. Intanto Will diventa membro di un Blue Ribbon Panel che si terrà a Washington ed Emma non intende seguirlo, mentre Santana si rende conto della difficoltà di essere fedeli.

Finn fatica a riadattarsi alla vita di sempre adesso che Rachel lo ha lasciato e che si è stato congedato dal militare, quindi Artie gli propone di dirigere il musical del Glee Club. Intanto Emma e Will continuano a discutere sulla possibilità di una temporanea relazione a distanza, mentre Marley si trova contesa tra Jake ed il nuovo arrivato, Ryder Lynn.

Sue mette i bastoni tra le ruote a Finn quando ottiene quello che voleva, ossia eliminare Unique dal cast del musical e Kitty cerca di minare la sicurezza di Marley facendole credere di essere ingrassata. Intanto Rachel e Kurt decidono di tornare al McKinley per vedere lo spettacolo degli ex - e i nuovi - membri del Glee Club e Cassandra approfitta dell'assenza della sua alunna.

Gli Warblers rubano il trofeo delle Nazionali al McKinley per poter tentare di riavere Blaine nel gruppo. Intanto Finn costringe il Glee Club a formare dei duetti tra acerrimi nemici per poter diventare un vero team, mentre Jake e Ryder continuano a contendersi l'attenzione di Marley.

Le regionali si avvicinano e mentre Marley continua nel suo insostenibile regime di dieta, Finn convince il Glee Club ad esibirsi con Gangnam Style, approfittando del ritorno dei suoi vecchi compagni per le vacanze del Ringraziamento. Nel Frattempo Rachel e Kurt decidono di rimanere a New York e passare il giorno di festa con Brody ed Isabelle.

Il mancamento di Marley sul palco delle regionali ha causato al McKinley la squalifica, e Sue coglie l'occasione per appropriarsi della stanza delle prove ed affondare definitivamente il Glee Club. Intanto a New York Rachel riceve l'onore di partecipare alla recita invernale e Kurt chiede a Carmen Tibideaux la possibilità di un secondo provino per essere ammesso al NYADA.

Arriva il Natale al McKinley High e anche a New York: mentre Burt fa una sorpresa a Kurt e Rachel, costretti a rimanere in città per le vacanze, Sam e Brittany si preparano per la fine del mondo, mentre Jake passa una settimana insieme al fratello, Puck. Intanto Artie riesce a capire come sarebbe diverso se non fosse costretto alla sedia a rotelle.

Tina propone un ballo scolastico dove sono le ragazze a chiedere ai ragazzi un appuntamento e Blaine coglie l'occasione per confessare una cotta. Intanto Kurt si abitua ai primi giorni al NYADA e conosce Adam, creatore del gruppo Adam's Apple, mentre la relazione tra Rachel e Brody diventa sempre più importante. Nel frattempo, Sam ha una teoria su come i Warblers abbiano vinto alle regionali.

Dopo la squalifica della Dalton Academy, i New Direction balzano in vetta alla classica delle regionali e acquisiscono così il diritto di partecipare alle prossime selezioni nazionali. Per poter permettersi il viaggio, Tina propone di raccogliere i fondi con la vendita di un calendario con i ragazzi del Glee Club. Intanto Rachel è alle prese con la prima parte in un film universitario.

Tina è perdutamente innamorata di Blaine, che però non gli dimostra quanto ci tiene e questo fa scatenare in lei la vera diva. Intanto Rachel - dopo aver vinto lo showcase di Carmen Tibideaux - diventa un'insopportabile prima donna e Kurt cerca di farglielo capire con una sfida. Nel frattempo, manca poco al matrimonio di Will e Emma e quest'ultima comincia a dare i primi segni di cedimento.

E' arrivato il giorno del matrimonio di Will ed Emma ma le cose non sembravo girare per il verso giusto. Per l'occasione, tutto il Glee Club si ritrova a Lima e un matrimonio è il momento giusto per riaccendere vecchie fiamme e farne nascere di nuove. Nel frattempo, Ryder fatica a tenere a freno i sentimenti per Marley mentre al tempo stesso aiuta Jake nell'organizzare per la ragazza un San Valentino da non dimenticare.

Adam, Kurt e Rachel sono bloccati in casa dalla neve, con una Santanache non perde occasione per gettare scompiglio e per gettare cattiva luce su Brody. Intanto Finn cerca di convincere Will a cercare Emma e riconquistarla, mentre Marley è ancora turbata dal bacio con Ryder.

Santana continua a sospettare di Brody e nonostante lo scetticismo di Rachel decide di provarlo una volta per tutte chiamando i rinforzi. Intanto il rapporto incrinato tra Will e Finn dà l'idea per il tema della settimana, quello delle faide tra cantanti o gruppi.

Con l'assenza di Will, Blaine e Sam decidono di prendere il controllo e di impostare la settimana all'insegna delle "guilty pleasure", passioni musicali che ogni membro del Glee Club nasconde. Intanto Santana e Kurt conoscono la verità su Brody ma Rachel ancora ignora perché il ragazzo l'abbia abbandonata.

Mentre Brittany avvisa la scuola che un asteroide sta per colpire la terra, il McKingley High viene sconvolto da un avvenimento che colpirà tutti, più o meno indirettamente. Intanto Ryder pensa di aver trovato Katie, la ragazza che lo ha "virtualmente" conquistato.

Con l'aiuto di Puck, Finn viene introdotto alla spericolata vita universitaria, proprio quando Will decide di perdonarlo e di chiedergli di tornare ad insegnare insieme a lui. Intanto Rachel si prepara insieme a Shelby per il provino di Funny Girl, mentre Marley propone al gruppo di optare per canzoni originali in vista delle selezioni nazionali.

Il McKinley High rimane senza elettricità per giorni interi, fatto che obbliga il Glee Club ad optare per delle performance a cappella. Intanto Ryder, per paura che la misteriosa Katie smascheri i suoi più intimi segreti, decide di confidarsi con il resto del gruppo con un ricordo che scoprirà condividere con Kitty. Nel frattempo, Becky cerca di convincere Sue a tornare.

Rachel teme che, una volta saputo della sua grande occasione a Broadway, Cassandra possa metterle i bastoni tra le ruote e fare di tutto per sabotare il provino per Funny Girl. Intanto Kurt torna a Lima per avere notizie sulla salute del padre e Blaine si rende conto che l'unico modo per dare una svolta al loro rapporto è quello di prendere una decisione definitiva, mentre Kitty scopre il vero motivo per cui Artie non andrà a studiare a New York.