Una vecchia conoscenza dall'accademia di Quantico torna a far capolino nella vita di Peter: Jill, una sua ex, gli chiede aiuto per un caso delicato di cui nessuno può venire a conoscenza e che richiede lavoro in incognito. Nel frattempo, Rebecca e Neal scoprono un tassello in più nel mistero del manoscritto di Mosconi mentre emerge una nuova pista di indagini sull'omicidio di Seigel.