Neal e Mozzie conducono una nuova vita nell'arcipelago di Capo Verde sotto la protezione di Henry Dobbs, ignari che a New York un agente dell'FBI, Kyle Collins, sia sulle loro tracce. Peter decide di rintracciare l'ex partner, grazie all'aiuto di Ellen Parker, e di trovare un modo per farlo tornare a casa.

Mentre Neal è detenuto da Collins in attesa di espatriarlo ed incarcerarlo, Peter per caso scopre la vera identità di Henry Dobbs e usa l'informazione per escogitare un piano e far tornare Caffrey a New York. Il piano di Burke però avrà delle conseguenze sulla sua carriera.

Al ritorno a New York e in attesa di una sentenza definitiva, Peter viene rilegato nel magazzino dell'FBI ed è costretto ad abbandonare il caso su cui lavorava e che lo tormentava da dieci anni, ossia la cattura di David Cook. Sentendosi in colpa, Neal chiede quindi aiuto a Diana e Jones per aiutarlo.

Sophie Covington, ha ereditato milioni di dollari dopo la morte del marito ed è sospettata di esserne colpevole. Sara, incaricata di assicurarsi della sua innocenza, chiede aiuto a Peter e Neal, che è costretto ad agire in incognito e fingersi un truffatore. Intanto Ellen confida a Caffrey l'identità dell'uomo a cui deve rivolgersi per conoscere la verità su suo padre.

Peter cerca di incastrare una ladra d'opere d'arte, Abigail Kinkade. Quest'ultima però riconosce Neal e sapendo della sua fama gli propone uno scambio, con la promessa di riuscire ad ottenere informazioni sul suo passato. Quando Caffrey si rifiuta, Abigail lo ricatta di incastrarlo sulla scena del crimine.

Durante un'asta in un deposito, Mozzie entra involontariamente in possesso di un tesoro collegato ai padri fondatori e ai loro discendenti. Quando viene minacciato di morte, chiede aiuto a Peter e Neal per risolvere il tentato omicidio, imbarcandosi in una caccia al tesoro fatta di codici e spie.

Delancy, un criminale che Peter ha arrestato, assume Landon Shepard, famosa nell'ambito politico per i suoi ricatti e stratagemmi. Quando quest'ultima minaccia la buona riuscita del processo, Peter e Neal sono costretti ad infrangere la legge per poterla incastrare.

Alex torna in città ed è sospettata di essere coinvolta nell'ennesimo furto, quindi Peter ordina a Neal di avvicinarsi e raccogliere più informazioni possibili per poter sventare il suo prossimo colpo. Intanto a Neal viene recapitato un pacco, ennesimo tassello nella scoperta della verità su suo padre.

Peter manda Neal sotto copertura come agente di borsa per smascherare una sorta di Fight Club dove i vincitori ottengono informazioni riservate. I due si ritrovano a dover combattere l'uno contro l'altro, ma non tutto va secondo i piani quando Caffrey scopre che Peter ha involontariamente complicato le cose con Sam.

Peter scopre che Sam non è chi dice di essere ed avvisa Neal della possibilità che sia uno dei poliziotti corrotti che suo padre cercava di smascherare insieme ad Ellen. Intanto il team cerca di smascherare un falso agente FBI che usa l'identità per poter portare a termine un rapimento.

Le indagini per scoprire l'assassino di Ellen portano ad un membro della mafia irlandese, il figlio dell'uomo che ha incastrato il padre di Neal, quest'ultimo è quindi costretto a mettere a frutto le sue conoscenze sulla contraffazione dei liquori per poter infiltrarsi ed incastrarlo. Intanto Sam spiega al figlio la verità su quanto è successo.

Neal e Peter si avvicinano alla verità sul passato dell'ex truffatore ed iniziano le indagini su un uomo, un senatore del Maryland - Terrence Pratt - che con una mossa insolita si è attirato su di sé le attenzioni. Intanto, quando la vita di Peter viene messa in pericolo. Elizabeth ordina a Neal di cavarsela da solo.

Una dei tanti alter ego di Mozzie, un "onesto" tassista", concentra i sospetti di Peter e Neal verso una traffico illegale di licenze, che conduce a sua volta ad uno storico locale jazz in riapertura. Intanto Caffrey continua ad osservare lo skyline di New York per capire l'indizio lasciatogli da Ellen, mentre Peter continua a controllare ogni sua mossa.

Peter ed Elizabeth sono in partenza per un fine settimana tranquillo lontano dalla città, ma i piani non vanno come previsto quando si ritrovano rapiti da dei novelli Bonnie & Clyde che progettano di rubare...la luna. Intanto Sarah confessa a Neal qualcosa che farà cambiare decisamente strada alla loro relazione.

Il padre di Neal comincia a soffrire l'isolamento, mentre Peter confessa al socio di sapere dei suoi piani e di volerlo aiutare. Intanto Caffrey sospetta che dietro l'ultimo capolavoro di un defunto sculture ci sia la mano di un contraffattore, il tutto sotto lo sguardo vigile della nuova arrivata che sostituisce Hughes a capo della divisione.