Dopo quattro mesi dallo scontro con Sylar e dopo aver fermato la profezia di distruzione i nuovi "eroi" cercano di tornare ad una vita normale, tentando di rimanere nell'ombra per evitare attenzioni indesiderate.

Claire ha grossi problemi a mantenere un basso profilo per non attirare l'attenzione. Hiro continua la sua avventura nel giappone medioevale. Il dott. Suresh comincia con il primo incarico assegnato dallo società. Mentre Matt viene assegnato come investigatore al caso sull'omicidio di Kaito Nakamura, Peter Petrelli si ritrova sperduto e senza memoria nelle mani di alcuni malviventi.

Suresh scopre un dipinto mai visto di Isaac Mendez, l'ultimo di 8, così va ad aggiungersi al primo già in mano sua e di Bennet. Maya aiuta il fratello Alejandro ad uscire da una prigione messicana e Hiro aiuta Kensei nella sua missione di diventare un eroe.

Claire esce con West, ma il padre è molto preoccupato per la possibilità che la sua vera identità venga svelata. Con l'aiuto di Nathan, Matt fa un'importante scoperta e mette Molly in una difficile situazione.

Nathan Petrelli e Parkman vanno insieme alla ricerca del padre di quest'ultimo, che potrebbe essere implicato negli strani omicidi e nello stato di coma di Molly. Peter si concede una pausa, ma in sua assenza un nuovo temibile personaggio fa la sua comparsa... elettrizzante.

Ando riesce ad ottenere maggiori informazioni su Hiro, ma il suo rapporto con Kensei è in pericolo. Peter cerca ancora notizie su di sé mentre il padre di Claire vuole arrivare agli 8 dipinti di Isaac Mendez.

Finalmente si torna a parlare di Hiro e del suo viaggio nel passato. Peter e Caitlin scoprono i devastanti effetti di un virus che in futuro lascerà pochi sopravvissuti. West rimane scioccato nello scoprire l'identità del padre di Claire.

Un salto nel passato per riempire il vuoto lasciato dal passaggio alla seconda serie dopo l'ultima puntata della prima. Maya e Alejandro continuano la loro fuga dalle autorità, viene finalmente spiegato come Peter sia capitato in Irlanda e cosa è successo a Nathan, Niki e D.L..

Mohinder e Bob rapiscono Claire, ma suo padre e West fanno di tutto per salvarla. Hiro viaggia nel tempo per salvare la vita del padre ma capisce che non può cambiare il destino degli uomini; scopre però l'assassino di suo padre. Matt scopre di avere anche il potere di controllare le menti altrui.

Peter aiuta Adam in un piano (distruggere il virus) di cui non riesce a vedere le sottili quante oscure trame e nel finale si troverà coinvolto in uno scontro durissimo. Hiro continua ad inseguire l'assassino di suo padre. Maya deve scegliere se rimanere con Alejandro o con Sylar.