5 mesi dopo quella fatidica notte, le ragazze si ritrovano a brindare alla fine dell'estate ma Emily, sconvolta per la morte di Maya, finisce per ubriacarsi. Aria si sveglia in piena notte e, notando la porta aperta, sveglia anche Hanna e scopre che Emily è sparita.

Le ragazze sono in aula quando Emily, aprendo lo zaino, trova una collana fatta di denti con scritto "i morti non possono ridere". Sconvolta, corre in bagno seguita dalle ragazze che, nonostante opinioni contrastanti su cosa fare con la collana, finiscono per farla cadere nel water.

Vedendo lo strano comportamento di Lucas, Hanna prova a parlarci ma non riesce a capire cosa stia accadendo all'ormai ex amico. Preoccupata, manda Caleb a parlarci ma, come lei, anche lui non riesce a capire perché Lucas si comporti così.

Le ragazze stanno mangiando fuori con Veronica e Melissa quando, rimaste sole, cominciano a pensare che Melissa potrebbe essere il Cigno Nero. Mentre stanno vagliando le varie opzioni entra nel locale Jason che, infuriato, attacca pubblicamente Veronica.

Mentre Hanna è ancora a pezzi per la fine della sua storia con Caleb, Spencer, Emily e Aria vedono un'ambulanza portare via la madre di Garrett, mentre da non molto lontano, Aria vede una figura incappucciata osservare la scena.

Dopo essersi aggiornate, le ragazze proseguono il loro piano per smascherare A: Spencer, accompagnata da Hanna, decide di cambiare il biglietto trovato nella stanza della madre di Garrett per dare appuntamento ad A nella chiesa, per quella sera stessa.

Hanna si sta preparando per uscire quando Wilden arriva a casa sua e, con aria minacciosa, la informa che, non appena sarà tornata sua madre, le prenderanno un campione di sangue per fare il confronto con quello trovato sulla cavigliera.

Le ragazze stanno ancora invano tentando di accedere al sito di Maya ma, non riuscendo a trovare la password, Spencer decide di provare a decriptarla. Insieme ad Hanna, Spencer prova tutte le sue tecniche per entrare nel sito ma, non vedendo risultati, decide di chiedere aiuto a Caleb.

Aria rimane stupita quando capisce che Spencer, stanca delle ricerche riguardo A e tutto ciò che ne consegue, pensa realmente di non aver più un futuro, in quanto ha dimenticato di inviare la domanda di ammissione all'università dei suoi sogni.

Hanna trova un biglietto di Maya lasciato a casa sua per Emily. Decisa a fare luce sulla questione sia per l'amica sia per la sua relazione con Caleb, Hanna decide di stampare tutte le foto di Maya trovate sul suo blog, cercando di capire dove Maya abbia dato appuntamento alla ragazza.

Hanna si sta preparando per andare a scuola quando sente al piano di sotto che Ted ha portato a sua madre una pennetta USB con dei filmati riguardanti anche lei. Subito la ragazza pensa che si tratti delle pennetta che, tempo prima, Spencer aveva lanciato contro Ian.

Hanna, disperata, si trova tra le braccia di Aria e Spencer che, terrorizzate, guardano la polizia che porta via un corpo mentre qualcuno viene caricato sull'ambulanza. Emily, sotto shock, cerca di lasciare una deposizione alla polizia.

Mona è intenta a preparare il suo piano di fuga per la notte di Halloween che, grazie all'aiuto di un manichino, va a buon fine. Le ragazze, intanto, si preparano al meglio alla serata non tralasciando alcun dettaglio.

Il Radley Sanitarium dimette Mona, che torna a Rosewood High con un attestato di guarigione. La ragazza sembra essere una persona diversa da quella che conoscevamo, ma le ragazze non sono del tutto convinte della sua nuova personalità.

Aria, Emily, Hanna e Spencer hanno la certezza che Mona sta architettando qualcosa di losco ai loro danni, ma non sanno come provarlo. Nel frattempo, Aria è sempre più preoccupata riguardo a suo padre.

Aria è a casa malata, quindi Hanna ed Emily rimangono da sole nella loro continua ricerca di indizi. Meredith inizia a prendersi cura di Aria, ma ben presto si capisce che potrebbe avere ben altri piani in mente.

Aria sa benissimo che dovrebbe dire tutto a Ezra riguardo il figlio di lui, ma non è pronta per quello che potrebbe succedere. Nel frattempo, Hannah è sicura che Caleb le sta nascondendo qualcosa e cerca in tutti i modi di scoprire cosa.

Ora che i resti di Ali sono tornati dalla sua famiglia, i DeLaurentis si preparano a sotterrarli, dando un'altra opportunità alle ragazze di dire addio alla loro amica. Non tutto il gruppo però vuole partecipare ai funerali.

Spencer continua a precipitare in una spirale senza fine, dando sfogo a tutta la sua rabbia e frustrazione su Mona. Nel frattempo, Caleb nasconde il suo dolore a suo padre, anche dopo un incontro con lui.

Ancora scosse dai recenti eventi, le ragazze si mettono alla ricerca di risposte sul passato del detective Wilden. Riescono a scoprire qualche indizio importante, ma ben presto il detective inizia a stringere la sua presa sul gruppo.

Spencer è finalmente pronta a parlare, ma Emily non crede di essere pronta ad accettare quanto ha da dirle. Nel frattempo, Hanna è impegnata ad aiutare la madre dopo che Ashley rimane vittima di un incidente automobilistico.

Non ci sono ancora tracce di Spencer, quindi il gruppo di ragazze si mette alla ricerca di indizi per scoprire dove si trova la loro amica. Nel frattempo, Emily corona il suo sogno di incontrare l'atleta Missy Franklin.

Mentre A continua giocare con le ragazze, Aria inizia a riflettere sulla sua relazione con Ezra, mentre Caleb viene travolto dal passato di Jamie ed Emily è determinata a provare a Spencer che quest'ultima era nel torto.