L'analista Will Travers scopre quasi per caso l'esistenza di una cospirazione a livello nazionale, perpretata attraverso messaggi inseriti in alcuni cruciverba. Il giorno dopo la scoperta, però, il suo mentore resta ucciso in un incidente ferroviario. Sembra essere una fatalità, ma alcuni indizi portano Will a pensarla diversamente.

Will deve affrontare il suo primo giorno di lavoro da capo della propria squadra, ma non si trova a proprio agio a comandare colleghi che fino al giorno prima erano suoi pari. Nel frattempo la vedova di Tom Rhumor scopre qualche segreto riguardo al marito deceduto.

Will scopre altri indizi lasciati dal suo mentore prima di morire e chiede aiuto a Ed per decifrarli. Inoltre scopre anche di essere seguito da un uomo misterioso. Nel frattempo Grant, Miles e Tanya lavorano giorno e notte per scoprire l'identità di un uomo d'affari.

Will compie un viaggio d'affari burocratici insieme a Truxton e scopre qualcosa in più sul suo datore di lavoro. Nel frattempo la squadra di analisti deve prendere una decisione difficilissima dal punto di vista etico, oltretutto in autonomia e senza l'aiuto di Will.

Will continua ad indagare sulla morte del suo mentore, scoprendo l'esistenza di un uomo misterioso, Donald Bloom, collegato alla sua scomparsa. Nel frattempo deve però continuare a lavorare con la sua squadra, oltre che presenziare ad un gala di beneficenza organizzato dalla moglie di Truxton.

Will continua le sua indagini e riceve anche un aiuto inaspettato da Ingram, che lo convince a cambiare la pista investigativa e lo avverte che il suo appartamento è pieno di trasmittenti. Nel frattempo Maggie si trova a passare una notte senza la figlia e chiede a Will di farle compagnia.

L'API riceve la visita dell'FBI che chiude l'edificio per un'intera giornata, non lasciando uscire nessuno e investigando su una possibile falla nel sistema di sicurezza della società. Tutti gli analisti devono quindi attendere nei propri uffici l'evolversi della situazione, oltre che sottoporsi alla macchina del poligrafo.

Miles e Tanya vengono mandati in un paese del Medioriente per aiutare la CIA ad interrogare un possibile terrorista: l'esperienza dei due sarà traumatica. Nel frattempo Will scopre che Maggie lo stava spiando e decide di licenziarla, mentre Ed continua le sue indagini.

Will è ancora ossessionato da spie, inseguitori e trasmittenti. Per questo decide di chiedere ospitalità alla vicina di casa Andy, in modo da osservare il suo appartamento senza essere sorvegliato. Nel frattempo Grant scopre che sua moglie ha perso il lavoro e deve sottoporsi all'ennesimo litigio a causa dell'impossibilità di rivelare il suo vero lavoro.

Will incontra Katherine Rumor e i due riescono a scambiarsi delle informazioni prima che la donna venga minacciata di morte in caso di altri contatti con l'analista. Nel frattempo il team continua ad indagare sul caso senza Tanya, che sta effettuando un corso di recupero per dipendenti con problemi di droga.

Truxton scopre che Will sta ancora indagando sulla morte del suo mentore e per questo decide di eliminarlo. Nel frattempo il team di analisti riesce finalmente a scoprire l'identità del terrorista dai mille volti, guadagnandosi le congratulazioni del direttore.

L'intera squadra di analisti si ritrova a lavorare fianco a fianco con l'FBI per rintracciare e fermare il presunto terrorista prima che possa colpire qualche monumento nazionale. Will però è ancora scosso dagli avvenimenti della notte precedente.