Nikita è ancora in fuga dopo essere stata incastrata per l'omicidio del Presidente degli Stati Uniti. Un giornalista, però, inizia a indagare per scoprire cos'è realmente accaduto quella notte.

Nikita si riunisce con il resto della squadra a bordo del centro di comando aereo. Michael rifiuta di parlare con lei della loro relazione e la spinge a farsi aiutare dalla squadra in questa brutta situazione.

Le tensioni tra il Pakistan e gli Stati Uniti d'America continuano a crescere, con Nikita che si trova implicata nella faccenda suo malgrado. Intanto, Ryan trova sospettoso il comportamento di Birkhoff.

Jones decide di mettere da parte Amanda prendendo nuovamente il controllo delle operazioni. Chiama allora Nikita dicendole che la sua squadra ha la possibilità di ottenere libertà totale cancellando le proprie identità.

Proprio quando Nikita inizia a vedere la luce del tunnel nell'eterna guerra contro The Shop, Ryan confessa un segreto che potrebbe rovinare tutti gli sforzi fatti. Nel frattempo, Michael cerca di convincere Nikita ad accettare la sua nuova posizione.