Amy rivela a Sheldon di aver accettato un lavoro come ricercatrice per un progetto nell'università dove lui lavora e teme che questo possa alterare il già delicato equilibrio tra di loro. Nel frattempo, Bernadette viene a sapere che Howard ha consigliato all'amico di non coinvolgere lavoro e vita sentimentale, perché rischierebbe di annoiarsi.