Sono passati sette mesi, Anne sta per terminare la gravidanza e Tom è passato da leader dei ribelli a Presidente di ciò che rimane degli Stati Uniti, grazie anche all'aiuto dei nuovi alleati alieni guidati da Cochise. Intanto Hal è costretto su una sedia a rotelle e durante la notte continua a fare incubi che lo turbano e che hanno come protagonista Karen.

I Volm scoprono una centrale nucleare che permette ai nemici, gli Espheni, di diventare sempre più potenti e Tom, con l'aiuto di uno scienziato agorafobico - Roger Kadar -, tenta quindi di distruggerla. Nel frattempo, Anne nota dei comportamenti strani in sua figlia appena nata, mentre Maggie si sveglia nel cuore della notte non trovando Hal.

Un attacco a sorpresa durante un semplice pattugliamento crea scompiglio nel gruppo e mette a rischio la vita di uno dei suoi componenti. Intanto Anne è sempre più convinta che la figlia Alexis abbia ben poco di umano, mentre Hal decide di abbandonare Maggie e la sua famiglia, convinto ormai di essere la spia all'interno e una pedina in mano a Karen.

Anne continua a sospettare sulla vera natura della figlia, e per avere conferma sulla sua più grande paura chiede aiuto a Roger Kadar. Nel frattempo Hal desidera confessare al padre il suo timore di essere la spia all'interno del gruppo, ma Tom è in volo per raggiungere il "vero" presidente degli Stati Uniti, Benjamin Hathaway.

Miracolosamente sopravvissuti all'incidente aereo che ha ucciso Bressler, Pope e Tom sono bloccati nel bel mezzo di una fitta boscaglia, costretti a nascondersi dagli Skitters che si avvicinano sempre di più, ma sopratutto costretti ad affrontare la loro ormai consolidata rivalità. Nel frattempo Weaver, i ragazzi Mason, Maggie e Jeanne si mettono alla ricerca di Anne, mentre Peralta chiede un favore a Kadar.

Rassegnatosi a dover aspettare 24 ore prima di poter cercare Anne e la figlia, Tom viene preso in ostaggio dal figlio Hal, il cui organismo si è arreso all'ospite che Karen gli ha impiantato e che ha ormai preso il sopravvento. Nel tentativo di salvargli la vita, i ribelli alieni forniscono una cura che potrebbe risolvere il problema ma potrebbe anche ucciderlo.

Mentre Hal, Tom, Ben e Matt si mettono in cammino alla ricerca di Anne ed Alexis - ormai disperse da giorni - il nuovo presidente degli Stati Uniti, Peralta, decide di non fidarsi degli alieni alleati e di chiedere delucidazioni sull'arma che stanno costruendo. Nel frattempo la minaccia della spia all'interno della resistenza non è ancora del tutto eliminata.

Tom è vittima di tortura nel tentativo di scoprire quale tre quattro città sarà la prossima vittima dell'attacco dei Volm. Intanto, a Charletson, Maggie attente il ritorno di Hal, mentre Pope cerca di convincere Weaver che Tom non farà più ritorno, e che bisogna agire in fretta prima che sia troppo tardi per scoprire che sia la talpa.

Tom riesce a fare ritorno al campo dei sopravvissuti e consiglia i figli ad usare la rabbia per la morte di Anne e Alexis nel combattimento. Nel frattempo, la talpa all'interno del gruppo continua ad agire indisturbata, colpendo prima gli alleati alieni e poi direttamente gli abitanti di Charleston.