Mentre Hal, Tom, Ben e Matt si mettono in cammino alla ricerca di Anne ed Alexis - ormai disperse da giorni - il nuovo presidente degli Stati Uniti, Peralta, decide di non fidarsi degli alieni alleati e di chiedere delucidazioni sull'arma che stanno costruendo. Nel frattempo la minaccia della spia all'interno della resistenza non è ancora del tutto eliminata.