La missione di Tom e Lexi va a buon fine, nonostante quest'ultima debba sacrificarsi per salvare la sua famiglia. Tom, invece, prima di ritrovarsi di nuovo sulla Terra, è vittima di una vivida visione della moglie defunta che lo incita a combattere e a trovare la rabbia che è in lui. Nel frattempo Hal spera di riconquistare Maggie nonostante i sentimenti che legano quest'ultima a Ben.

La 2nd Mass viene improvvisamente attaccata da orde di skitters, e nel difendersi la scorta di cibo viene danneggiata irreparabilmente. Pope, Sara, Maggi e Ben decidono di avventurarsi al di fuori delle mura per cercare provviste, nel frattempo le parole di Tom influenzano l'umore dei sopravvissuti, mentre quest'ultimo continua ad essere affetto da allucinazioni.

Tom ed Anne seguono il misterioso insetto che sembra essere un miscuglio di diversi di dna, per poi scoprire -non lontano dalla base- un gigantesco accampamento di Skitters che sembrano moltiplicarsi a vista d'occhio. Intanto Maggie rivela a Caitlin di non riuscire a mantenere la promessa fatta, mentre il fratello la usa per comunicare.

Pope considera Tom responsabile per la morte di Sara e decide di vendicarsi fomentando ostilità tra i sopravvissuti. Nel frattempo Cochise condivide delle notizie con il resto del gruppo che potrebbero peggiorare la situazione, mentre ad Antony viene tolta la possibilità di combattere dopo aver eliminato l'unica possibilità di trovare una soluzione al proliferarsi degli skitters.

La 2nd Mass lascia la base per mettersi in viaggio verso quella che sperano sia la battaglia finale contro gli Espheni. Nel frattempo, Pope accoglie nuove reclute per il suo nuovo gruppo di ribelli, mentre Tom segue le vane indicazioni che riceve per poter salvare Hal.

Tom, ferito, si risveglia a casa di una famiglia che è riuscita a distanziarsi dalla distruzione e dalla guerra che li circonda, mentre Hal è ancora in cerca del padre in compagnia di Isabella. Nel frattempo Maggie prende una decisione che potrebbe influenzare l'intera 2nd Mass, mentre quest'ultima trova un dispositivo Espheni che potrebbe dare una svolta alla battaglia.

I sopravvissuti della 2nd Mass sono convinti di aver trovato un rifugio sicuro quando si imbattono in una base militare completamente funzionale e capitanata da una vecchia conoscenza di Weaver, Katie Marshall. Nel frattempo Dingaan e Cochise continuano a mettere a punto il piano che potrebbe sconfiggere gli Espheni.

Weaver scopre la verità su Katie Marshall, e confessa l'accaduto al tenente Wolf, il quale decide di unirsi al tenente Sheldon ed aiutare Tom e la sua famiglia — ancora tenuti prigionieri ed accusati di tradimento. Nel frattempo Maggie ed Isabella sono costrette ad unire le forze.

Tom ha tra le mani nuova, potente arma da usare contro gli Espheni, mentre Ben rischia la vita per cercare di sapere di più sui nemici, i loro piani e la misteriosa Regina che li guida. Nel frattempo Pope riesce ad infiltrarsi nella base per un ultimo attacco, e Matt mette a repentaglio la missione verso Washington salvando un sopravvissuto.