Andrea Lopez cerca le prove mancanti per dimostrare gli accordi tra il boss Antonio Barone e il corrotto dirigente dei servizi segreti Gerardo Facchini. Sergio Vitale scopre che il padre di una delle compagne di scuola di sua figlia è il figlio di un noto boss trafficante di droga.

La morte di Lopez durante la cattura di Facchini getta il commissariato nello sconforto. La squadra scopre un traffico di organi nell'ambito di una faida tra clan.

Un artigiano dei presepi viene rapinato e si rivolge a Malinconico per avere aiuto. Benni racconta a suo fratello che Gabriele gli ha salvato la vita in carcere e gli procura un buon avvocato che lo convince a ritrattare la confessione di omicidio, con grande delusione di Federico, e viene rimesso in libertà.

La squadra mette a segno un importante sequestro di droga nella cui fornitura sono convinti c'entri Malinconico. Ciccone si rende conto di essere in grado di dirigere il commissariato e cede l'incarico al più alto in grado tra loro, Battiston. Bianca, ubriaca, bacia uno sconosciuto che poi scopre essere il nuovo falco.

A Napoli inizia a circolare una nuovo tipo di droga a basso prezzo ma di ottima qualità. Sciacca indaga sull'omicidio di una ragazza ad opera di un coetaneo del suo palazzo. Battiston cerca di avere l'autorizzazione da Greco per indagare su Malinconico.

Vitale trova lavoro a Gabriele come buttafuori alla discoteca Paradise, dove Malinconico spaccia droga tramite alcuni suoi uomini. Costa fa partire una fuga di notizie che obbliga Greco a dare l'autorizzazione ad indagare sul boss.

Malinconico guadagna piazze di spaccio nella città. Nella faida di quartiere, muore un bambino. Marciano chiede a Battiston di ottenere incarichi più leggeri.

Sciacca spara per legittima difesa contro un suo indagato, che rimane ucciso. Benni scopre che sul suo telefono è stato caricato un software per le intercettazioni e lo comunica al fratello, che ordina una bonifica totale degli uffici e la distruzione dei telefoni di tutti i suoi scagnozzi.

Sciacca teme di essere affetto dal morbo di Parkinson. Coppola viene ferito a fuoco per l'inesperienza di Persico e viene tenuto in coma farmacologico mentre Marciano si impegna a trovare chi lo ha ridotto in fin di vita.

La squadra cerca un serial killer di prostitute: è Castillo, un trafficante in rapporti con Malinconico. Sciacca viene rassicurato che il suo disturbo alla mano non è Parkinson. Federico si sveglia dal coma.

Battiston riesce a non farsi portare via l'indagine su Malinconico. Gabriele viene torturato dal nuovo vicequestore Lamberti per mettere alla prova la sua affidabilità come infiltrato.

Sciacca riapre un caso irrisolto di una bimba scomparsa, dopo il suicidio della madre della piccola. Malinconico scopre che qualcuno ha tagliato la sua cocaina mischiandola con aspirina, mandando sua figlia all'ospedale in quanto allergica. Gabriele viene incaricato di scoprire chi è stato.

La squadra scopre una fumeria di crack. Malinconico scopre che Gabriele è stato con sua figlia Desirée.

Castillo vuole vendicare suo fratello, ucciso da Vitale. Per questo, rapisce la sua ex moglie e la figlia. Vitale riesce a prendere tempo chiedendo aiuto a Malinconico. La squadra, guidata da Lamberti, partecipa all'organizzazione dello scambio tra Vitale e gli ostaggi.

Gabriele viene a sapere che Malinconico riesce a far passare i carichi di droga alla dogana del porto perchè chi li trasporta non sa di farlo. Un amico (mandato da Lamberti) chiede a Benni di convincere il fratello ad aiutarlo a fargli passare un carico di armi alla dogana, così la squadra potrà vedere come vengano elusi i controlli.

Vitale si offre come esca per tendere una trappola a Castillo e Lamberti la organizza. Gabriele dovrà offrire a Castillo di consegnargli Vitale in cambio di soldi con l'aiuto del fratello poliziotto, fingendo un agguato durante un trasferimento del programma di protezione, facendo credere a Malinconico che è solo un piano per togliere di mezzo Castillo servendosi della polizia.